Xác định tính đa hình của các gen tp53 và gen mdm2 ở bệnh nhân ung thư phổi tt
- 29 trang
- file .docx
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ
TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI
TRẦN KHÁNH CHI
XÁC ĐỊNH TÍNH ĐA HÌNH CỦA CÁC GEN TP53
VÀ GEN MDM2 Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ PHỔI
CHUYÊN NGÀNH : HÓA SINH Y HỌC
MÃ SỐ : 62720112
TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC
HÀ NỘI - 2019
CÔNG TRÌNH ĐƯỢC HOÀN THÀNH TẠI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI
Người hướng dẫn khoa học: 1. PGS. TS. Trần Huy Thịnh
2. PGS.TS. Nguyễn Thị Hà
Phản biện 1: PGS.TS. Nguyễn Nghiêm Luật
Phản biện 2: PGS.TS. Phan Quốc Hoàn
Phản biện 3: TS. Trần Thị Chi Mai
Luận án được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án Tiến sỹ cấp
Trường họp tại Trường Đại học Y Hà Nội.
Vào hồi giờ ngày tháng năm 2019
Có thể tìm hiểu luận án tại:
- Thư viện Quốc gia Việt Nam
- Thư viện Trường Đại học Y Hà Nội
1
ĐẶT VẤN ĐỀ
1. Tính cấp thiết của đề tài
Ung thư phổi là loại ung thư thường gặp nhất và có tỷ lệ tử vong
cao nhất trong các loại ung thư hiện nay. Việt Nam là nước có tỷ lệ ung
thư phổi đứng đầu trong các ung thư ở nam giới và đứng thứ 3 trong các
ung thư ở nữ giới. Việc phát hiện sớm các yếu tố nguy cơ để có biện
pháp theo dõi và chẩn đoán sớm, can thiệp kịp thời sẽ đóng vai trò đặc
biệt quan trọng nhằm ngăn ngừa sự phát sinh, phát triển ung thư đồng
thời nâng cao hiệu quả của công tác khám và điều trị bệnh.
Các gen TP53 và MDM2 là nhóm gen nằm trong con đường tín
hiệu TP53 đóng vai trò quan trọng trong việc duy trì tính ổn định của bộ
gen dưới tác động của các yếu tố có hại như sự thương tổn DNA, giảm
oxy máu, rối loạn chuyển hóa hay tăng cường hoạt động của các gen
sinh ung thư. Với mỗi biến đổi xảy ra trên TP53 hay MDM2 đều có thể
làm thay đổi quá trình sinh lý tế bào và dẫn đến nguy cơ phát sinh, phát
triển ung thư. TP53 và MDM2 đều là những gen đa hình, nhiều đa hình
nucleotid đơn của 2 gen này đã được tìm thấy tạo ra những kiểu gen
(genotype) khác nhau trong cộng đồng. Tuy nhiên, không phải tất cả
các kiểu gen đó đều có khả năng thúc đẩy sự hình thành và tiến triển
ung thư. Trên thực tế, người ta đã xác định được một số SNPs của gen
TP53 và MDM2 có vai trò quan trọng trong bệnh sinh một số loại ung
thư, trong đó có ung thư phổi. Việc xác định các SNPs này có vai trò
quan trọng trong việc đánh giá nguy cơ mắc bệnh và khả năng đáp ứng
điều trị đối với từng cá thể. Tại Việt Nam, trong những năm gần đây đã
có một số công trình nghiên cứu về vai trò của gen TP53 trong ung thư
phổi, tuy nhiên chưa có nghiên cứu nào đánh giá tính đa hình của gen
TP53 cũng như vai trò của gen MDM2 thông qua các SNPs liên quan
đến ung thư phổi.
2. Mục tiêu của đề tài
1. Xác định tỷ lệ kiểu gen của một số đa hình gen TP53 và gen
MDM2 ở bệnh nhân ung thư phổi và người bình thường.
2. Phân tích mối liên quan giữa một số đa hình gen TP53 và
gen MDM2 với nguy cơ ung thư phổi.
3. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài
Các biến thể trong trình tự DNA của con người có thể ảnh hưởng
đến cách cơ thể phát triển bệnh, cách cơ thể đáp ứng với các tác nhân
gây bệnh, các hóa chất, thuốc, vaccin và các loại tác nhân khác. Các
2
SNP được cho là chìa khóa tiềm năng trong việc thực hiện y học cá thể
hoá. Tuy nhiên, vai trò quan trọng nhất của chúng trong các nghiên cứu
y học là để so sánh các vùng của hệ gen giữa các nhóm người (có thể là
giữa bệnh nhân và người khỏe mạnh) trong các nghiên cứu ở mức toàn
bộ hệ gen (genome-wide association studies - GWAS). Trong nghiên
cứu này, chúng tôi tiến hành tìm hiểu tỷ lệ các kiểu gen đa hình ở nhóm
bệnh nhân ung thư phổi và nhóm đối chứng, so sánh giữa 2 nhóm và tính
toán tỷ suất chênh để xác định nguy cơ mắc ung thư phổi trên cá đối
tượng này. Các kỹ thuật sinh học phân tử được sử dụng để xác định các
kiểu gen tại các đa hình nucleotid đơn của gen TP53 và MDM2. Các kiểu
gen nguy cơ sẽ có thể phát triển thành các phương tiện sàng lọc sớm và tư
vấn cho cộng đồng, để phòng tránh, ngăn ngừa sự hình thành và phát
triển ung thư phổi. Đây được xem như một hướng tiếp cận mới đầy triển
vọng, góp phần làm giảm tỷ lệ mắc ung thư phổi.
4. Cấu trúc luận án
- Luận án được trình bày trong 116 trang (không kể tài liệu tham
khảo và phần phụ lục). Luận án được chia làm 7 phần:
+ Đặt vấn đề: 2 trang
+ Chương 1: Tổng quan tài liệu 36 trang
+ Chương 2: Đối tượng và phương pháp nghiên cứu 12 trang
+ Chương 3: Kết quả nghiên cứu 31 trang
+ Chương 4: Bàn luận 32 trang
+ Kết luận: 2 trang
+ Khuyến nghị: 1 trang
Luận án gồm 26 bảng, 35 hình. Sử dụng 192 tài liệu tham khảo
gồm tiếng Việt và tiếng Anh. Phần phụ lục gồm bệnh án nghiên cứu,
danh sách 220 bệnh nhân ung thư phổi nguyên phát và 230 người đối
chứng, các quy trình kỹ thuật.
Chương 1
TỔNG QUAN
1. Ung thư phổi
1.1. Dich tễ học ung thư phổi
Những nghiên cứu dịch tễ học hiê ̣n nay ghi nhận, ung thư phổi là
loại ung thư thường gặp nhất và có tỷ lệ tử vong cao nhất trong các loại
hình ung thư. Theo số liê ̣u thống kê tình hình ung thư trên toàn thế giới
(Globocan 2012), ước tính thế giới có khoảng 1,82 triệu ca ung thư phổi
mới mắc và khoảng 1,59 triệu ca tử vong do ung thư phổi. Tại Hoa Kỳ,
thống kê cập nhật năm 2016, ung thư phổi là loại ung thư có tỷ lệ tử
3
vong cao nhất và tỷ lệ mới mắc đứng thứ hai ở cả hai giới. Ước tính
năm 2016, Hoa Kỳ có khoảng 224.390 trường hợp ung thư phổi mới
được phát hiện và khoảng 158.080 ca tử vong, chiếm đến 26,5% tổng số
ca tử vong do ung thư.
Các thống kê cho thấy, ung thư phổi phổ biến hơn ở nam giới. Tại
các nước đang phát triển, tỷ lệ nam/nữ là 2,4/1 trong khi tại các nước
phát triển, tỷ lệ nam/nữ là 1,8/1. Số ca mới mắc ở nữ giới đứng thứ 3
trong các loại hình ung thư (sau ung thư vú và đại trực tràng) nhưng số
ca tử vong chỉ đứng sau số ca tử vong do ung thư vú.
Theo các ghi nhận ung thư mới nhất tại Việt Nam, sau 10 năm từ
2000 đến 2010, tỷ lệ mắc ung thư phổi ở nữ đã tăng hơn 200%
(6,4/100.000 năm 2000 đến 13,9/100.000 dân năm 2010), ung thư phổi
cũng là một trong 5 loại ung thư có tốc độ tăng nhanh nhất.
1.2. Bệnh nguyên, bệnh sinh ung thư phổi
Hút thuốc lá được coi là yếu tố nguy cơ chính gây nên ung
thư phổi, khoảng 80- 85% ca được chẩn đoán ung thư phổi trên thế
giới có hút thuốc lá. Mức độ tăng nguy cơ phụ thuộc vào: tuổi bắt
đầu hút (hút càng sớm nguy cơ càng cao), số bao- năm (càng lớn
nguy cơ càng cao), thời gian hút càng dài (nguy cơ mắc bệnh càng
lớn), nguy cơ ung thư phổi ở người hút thuốc lá cao gấp 10 lần so
với người không hút thuốc. Các nghiên cứu cũng chỉ ra rằng, ngay cả
những người không trực tiếp hút thuốc lá nhưng thường xuyên tiếp
xúc với người hút thuốc (hút thuốc lá thụ động) cũng có nguy cơ ung
thư phổi rất cao. Ngoài ra còn rất nhiều yếu tố được coi là yếu tố
nguy cơ cho ung thư phổi như ô nhiễm không khí, các bức xạ ion
hóa, phơi nhiễm nghề nghiệp, virus, chế độ ăn, tiền sử mắc các bệnh
phế quản phổi.
Các nghiên cứu ở cấp đô ̣ phân tử cho thấy, sự phát sinh, phát
triển ung thư phổi diễn ra qua nhiều giai đoạn dưới tác động của các
yếu tố nguy cơ, sự mẫn cảm gen và quá trình tích lũy đột biến xảy ra
trên các gen gây ung thư (oncogene) và gen áp chế ung thư (tumor
suppressor gene). Các cơ chế điều hòa gen vốn hoạt đô ̣ng nhịp
nhàng và chă ̣t chẽ khi bị rối loạn sẽ dẫn tới sự tăng cường hay ức
chế bất thường các gen chức năng.
4
Hình 1.1: Các con đường tín hiệu phân tử trong bệnh sinh ung thư phổi.
(Theo Pass và cộng sự).
2. Gen TP53 và MDM2
2.1 Gen áp chế ung thư TP53
Gen TP53 nằm trên nhánh ngắn của nhiễm sắc thể số 17 (17p13.1),
dài 20kb bao gồm 11 exon (từ E1 đến E11, trong đó E1 không mã hóa)
và 10 intron. Gen TP53 mã hóa cho protein TP53 người là một
phosphoprotein có trọng lượng phân tử 53 kDa bao gồm 393 acid amin
với 3 vùng chức năng khác nhau.
Gen TP53 có vai trò quan trọng trong sửa chữa DNA, kiểm soát
chu kỳ tế bào và apoptosis. Sự khiếm khuyết gen TP53 cho phép sự
tăng sinh tế bào bất thường và dẫn đến hình thành ung thư. Khi cơ thể
bị tác động bởi các kích thích (tổn thương DNA, stress tế bào, thiếu
oxy, sự biểu hiện quá mức oncogen), TP53 sẽ được hoạt hóa gây dừng
chu kỳ phân bào cho đến khi DNA được sửa chữa hoặc gây apoptosis
nếu DNA tổn thương không sửa chữa được. Vì vậy, TP53 được xem
như trạm gác của bộ gen tế bào (guardian genome). Ngoài ra, TP53 còn
có khả năng hoạt hóa hoặc ức chế một số gen khác.
5
2.2 Gen MDM2
Gen MDM2 (Murine double minute 2) còn được gọi là HDM2
(Human double minute 2) gồm có 12 exon và 1 intron nằm trên nhánh
dài của NST số 12, được xác định lần đầu tiên năm 1980. Phân tử
protein MDM2 được tổng hợp có 491 acid amin, gồm 5 vùng cấu trúc
chức năng.
Cho đến nay, vai trò quan trọng nhất được biết đến của MDM2 là
điều hòa hoạt động của gen TP53 trong con đường tín hiệu TP53. Ở
điều kiện bình thường, MDM2 gắn kết vào vùng kích hoạt sao chép của
TP53, kiểm soát sự phân bố và giáng hóa của protein TP53. Ngược lại,
TP53 hoạt hóa sẽ thúc đẩy quá trình sao chép MDM2 do đó sự biểu hiện
của TP53 và MDM2 trong tế bào luôn được giữ ở trạng thái cân bằng
thông qua quá trình điều hòa ngược giữa MDM2 và TP53. Khi xuất hiện
các yếu tố kích thích (tổn thương DNA, stress tế bào, thiếu oxy, sự biểu
hiện quá mức oncogene), MDM2 sẽ được phosphoryl hóa và bộc lộ
vùng hoạt hóa của TP53, khởi phát các chức năng của TP53.
3. Đa hình gen TP53, MDM2 và ung thư phổi
Hiện tượng đa hình nucleotid đơn (SNP) là sự khác nhau về trình tự
DNA ở trong bộ gen giữa các cá thể của một loài hay giữa các cặp
nhiễm sắc thể của một người. Đây là một hiện tượng phổ biến, được coi
là hậu quả của những đột biến điểm thay thế một cặp nucleotid. Theo
kết quả của các nghiên cứu đã được công bố thì có rất nhiều SNPs được
tìm thấy trên vùng mã hóa và không mã hóa của gen TP53 và gen
MDM2. Các SNPs này đã tạo ra các kiểu gen (genotype) khác nhau của
TP53 và MDM2 trong cộng đồng. Một số SNPs đóng vai trò quan trọng
đối với sự phát sinh phát triển của nhiều loại ung thư và được coi là
những yếu tố nguy cơ cần được quan tâm.
Các SNP được phân tích trong nghiên cứu này có thể làm thay đổi
trình tự mã hoá hoặc không nhưng chúng đều nằm ở các vùng chức
năng quan trọng của TP53. Những vùng trên lý thuyết có thể ảnh hưởng
đến khả năng kiểm soát sự hình thành khối u Đầu tiên phải kể đến là
hiện tượng đa hình thái do sự thêm 16 base pair tại vùng không mã hóa
thứ 3 (intron-3) của TP53. Những người mang kiểu gen này thì sự biểu
hiện protein TP53 trong tế bào ở mức thấp và có nguy cơ cao mắc một
số loại ung thư bao gồm ung thư phổi, ung thư vú và ung thư đại trực
tràng. Điều này chứng tỏ rằng SNPs có khả năng thay đổi quá trình
hoàn thiện mRNA. Bên cạnh đó các SNPs trên vùng mã hóa của TP53
tại các bộ ba mã hóa 21 (GAC → GAT), 34 (CCC → CCA) và 36
6
(CCG → CCT) mặc dù không làm thay đổi trình tự acid amin nhưng
cũng làm giảm sự biểu hiện của protein TP53. Nhiều nghiên cứu đã chỉ
ra rằng các SNPs này nằm tại vùng N-tận của TP53 chứa vị trí tương tác
của với MDM2 và làm giảm khả năng dịch mã của TP53 mRNA. Mặt
khác, các SNPs trên vùng mã hóa làm thay đổi trình tự acid amin đều có
thế dẫn đến sự thay đổi khả năng bám của TP53 đối với đoạn trình tự
đặc hiệu tại gen đích, thay đổi quá trình hoàn thiện, tính ổn định của
protein cũng như thay đổi khả năng tương tác của TP53 với các protein
nội bào. Đây là những SNPs nằm tại các bộ ba mã hóa 47 (P47S), 72
(R72P), 217 (V217M) và 360 (G360A). Trong điều kiện bình thường,
dưới tác động của protein p38 và homeodomain-interacting protein
kinase 2 (HIPK2) TP53 được phosphoryl hóa tại vị trí S46 dẫn đến sự
tăng cường sao chép các gen liên quan đến quá trình chết theo chương
trình (appotosis). Và khi alen TP53-P47 được thay thế bởi alen TP53-
S47 sự phosphoryl hóa tại vị trí S46 bị giảm sút làm giảm hoạt tính tác
động lên các gen đích của quá trình thực bào và tăng khả năng mắc ung
thư.
Tương tự như vậy, tính đa hình thái tại bộ ba mã hóa 72 (R72P) đã
tạo ra 2 kiểu gen đối với vị trí này là TP53-R72 và TP53-P72. Nghiên
cứu của Boldrine và cộng sự cho thấy kiểu gen đồng hợp tử TP53-P72
có nguy cơ cao mắc ung thư phổi [48]. Đồng thời kiểu gen TP53-P72
cùng với kiểu gen G/G của MDM2 cũng thường gặp trên những bệnh
nhân ung thư phổi hút thuốc lá lâu năm. Đối với 2 dạng SNPs còn lại,
V217M nằm trên vùng bám vào DNA của TP53 (DNA binding
domain), SNPs này có khả năng làm giảm hoạt động của TP53 và các
gen bị ảnh hưởng trực tiếp gồm có CDKN1A, BAX và PMAIP1.
Nghiên cứu chức năng cho thấy kiểu gen TP53-M217 có sự biểu hiện
của những gen trên cao gấp nhiều lần kiểu gen TP53-V217. Như vậy
kiểu gen TP53-M217 có khả năng bảo vệ tế bào chống lại các tác nhân
gây ung thư tốt hơn kiểu gen TP53-V217. Tuy nhiên cơ chế phân tử của
hiện tượng này vẫn chưa thực sự rõ ràng. SNPs G360A nằm tại vùng
nối của TP53. SNPs này tác động lên sự biểu hiện của BAX và MDM2,
đây là những gen quan trọng trong con đường tín hiệu TP53.
Đa hình thái nucleotid đơn của gen MDM2 tại intron đầu tiên,
rs2279744 (MDM2 - SNP309), với sự biến đổi từ T thành G (MDM2 -
SNP309 T > G) làm gia tăng ái lực của SP1 (Stimulatory protein 1) với
MDM2, kết quả làm tăng sự biểu hiện của MDM2 dẫn đến gen TP53 bị
ức chế và là điều kiện cho các tế bào ung thư hình thành và tiến triển.
7
Nhiều nghiên cứu dịch tễ gen trên thế giới đã được tiến hành nhằm
tìm kiếm sự liên quan giữa các đa hình nucleotid đơn của gen TP53 và
MDM2 và ung thư phổi. các kết quả công bố vẫn còn chưa được thống
nhất nhưng có một điểm chung các nghiên cứu đều ghi nhận đa hình
R72P gen TP53 và 309T>G gen MDM2 là hai SNP liên quan nhiều nhất
với ung thư phổi. Khác biệt của các nghiên cứu có thể được giải thích
do sự khác biệt về cỡ mẫu hay các yếu tố về chủng tộc và môi trường
sống của quần thể nghiên cứu là khác nhau.
Thực tế ung thư là kết quả của một quá trình phức tạp trong đó có
sự tương tác của nhiều yếu tố như kiểu gen, đặc điểm sinh học cũng như
môi trường sống. Vì vậy, khi nghiên cứu về các SNP trong ung thư phổi
cần có những phân tích liên quan với các đặc điểm sinh học hay tình
trạng hút thuốc lá, ô nhiễm môi trường sống để có thể đánh giá một
cách toàn diện, đem lại những thông tin giá trị cho chiến lược dự phòng
ung thư phổi.
Chương 2
ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1. Đối tượng nghiên cứu
Nghiên cứu được thực hiện trên 220 bệnh nhân ung thư phổi
nguyên phát chẩn đoán tại Trung tâm Hô hấp, Trung tâm Y học hạt
nhân và Ung bướu- Bệnh viện Bạch Mai và 230 đối chứng từ tháng 10
năm 2013 đến tháng 12 năm 2014.
2.1.1. Tiêu chuẩn lựa chọn bệnh nhân
- 220 bệnh nhân được chẩn đoán xác định ung thư phổi tại Trung tâm
Hô Hấp, Trung tâm Y học hạt nhân và Ung bướu- Bệnh viện Bạch Mai
bằng kết quả xét nghiệm mô bệnh học.
- Đồng ý tham gia nghiên cứu.
2.1.2. Tiêu chuẩn loại trừ
- Ung thư phổi thứ phát.
- Ung thư phổi có kkm theo các ung thư khác.
- Không đồng ý tham gia nghiên cứu.
2.1.3. Nhóm chứng
- 230 đối chứng được lựa chọn từ những người đến khám sức khỏe tại
khoa Khám bệnh- Bệnh viện Bạch Mai. Nhóm chứng được khám lâm
sàng, làm các xét nghiệm cận lâm sàng, chụp XQ phổi, siêu âm và được
kết luận không mắc ung thư phổi hay bất cứ loại ung thư nào khác.
- Tương ứng về tuổi và giới với nhóm bệnh nhân ung thư phổi.
8
2.1.4. Các đa hình gen được phân tích
- Gen TP53
+ Thêm đoạn 16 cặp base pair tại intron 3 (dup 16).
+ SNP P34P, tại codon 34, exon 4 (CCC →CCA), mã hoá Prolin.
+ SNP P36P, tại codon 36, exon 4 (CCG →CCA), mã hoá Prolin.
+ SNP P47S, tại codon 47, exon 4, (CCG hoặc TCG), tương ứng
với Prolin hoặc Serin.
+ SNP R72P tại codon 72, exon 4, (CGC hoặc CCC), tương ứng
với Arginin hoặc Prolin.
+ SNP V217M, tại codon 217, exon 6, (GTG hoặc ATG), tương
ứng với Valin hoặc Methionine.
+ SNP G360A tại codon 360, exon 10, (GGG hoặc GCG), tương
ứng với Glycin hoặc Alanin.
- Gen MDM2: đa hình nucleotid đơn tại vị trí nucleotid 309, intron 1
vùng promoter của gen.
2.2. Phương pháp nghiên cứu
Nghiên cứu mô tả cắt ngang có đối chứng.
2.3. Thời gian địa điểm nghiên cứu
Thời gian từ tháng 10 năm 2013 đến tháng 10 năm 2017.
Địa điểm nghiên cứu: Bộ môn Hóa Sinh trường Đại học Y Hà Nội.
Trung tâm Hô hấp, Trung tâm Y học hạt nhân và Ung bướu- Bệnh viện
Bạch Mai. Trung tâm nghiên cứu Gen và Protein, trường Đại Học Y Hà
Nội.
2.4. Đạo đức trong nghiên cứu
Đề tài đã được thông qua Hội đồng đạo đức của Trường Đại
học Y Hà Nội học theo Quyết định số 188/HĐĐĐĐHYHN, ngày
31/1/2013
2.5. Kinh phí thức hiện đề tài
Đề tài được thực hiện với sự hỗ trợ kinh phí của đề tài nhánh
cấp nhà nước “Đánh giá sự phân bố kiểu gen của một số gen liên
quan đến ung thư phổi và ung thư gan” thuộc đề tài nhiệm vụ Quỹ
gen “Đánh giá đặc điểm di truyền người Việt Nam”.
2.6. Quy trình và các kỹ thuật sử dụng trong nghiên cứu
Các kỹ thuật sử dụng trong nghiên cứu bao gồm: Thu thập thông
tin bệnh nhân theo bệnh án nghiên cứu. Kỹ thuật tách chiết DNA từ các
mẫu máu ngoại vi. Phản ứng PCR xác định kiểu gen của đa hình Dup16
gen TP53. Kỹ thuật enzym cắt giới hạn (RFLP) để xác định kiểu gen tại
đa hình R72P gen TP53 và 309T>G gen MDM2. Kỹ thuật giải trình tự
9
trực tiếp để xác định kiểu gen tại các đa hình P34P, P36P, P47S,
V217M, G360A của gen TP53. Quy trình nghiên cứu theo sơ đồ.
SƠ ĐỒ NGHIÊN CỨU
Chương 3
KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
3.1. Đặc điểm chung của nhóm nghiên cứu
Bảng 3.1: Đặc điểm chung của nhóm nghiên cứu
Bệnh nhân Nhóm
ung thư phổi chứng
Đặc điểm p
(220) (230)
n % n %
60,67 ±
Tuổi (năm) X SD 59,89 ± 9,432
9,335
0,379
15
Nam 163 74,1 68,3
Giới 7 0,173
Nữ 57 25,9 73 31,7
Có 94 42,7 68 29,6
16 0,004
Tiền sử hút thuốc Không 126 57,3 70,4
2
lá
< 20 bao-năm 43 45,7 33 48,5
0,726
>20 bao-năm 51 54,3 35 51,5
10
UTBM tuyến 161 73,2
Mô UTBM
UTBM vảy 13 5,9
bệnh KTBN
UTBM loại khác 25 11,4
học
UTBMTBN 21 9,5
Nhận xét:
- Ung thư biểu mô tuyến chiếm tỷ lệ cao nhất trong các typ mô bệnh
học.
- Tỷ lệ hút thuốc lá ở nhóm bệnh là 42,7% cao hơn và có ý nghĩa thống
kê so với nhóm chứng (p=0,004). Tỷ lệ bệnh nhân ung thư phổi hút
thuốc lá > 20 bao-năm là 54,3% không có sự khác biệt với tỷ lệ bệnh
nhân ung thư phổi hút thuốc lá < 20 bao-năm là 45,7% (p=0,726).
- Không gặp nữ giới hút thuốc lá trong nghiên cứu.
3.2 Kết quả phân tích kiểu gen TP53
3.2.1. Thêm đoạn 16 base pairs tại intron 3 (dup16)
Đoạn gen mang vùng intron 3 gen TP53 được khuếch đại bằng
phản ứng PCR với cặp mồi đặc hiệu, sản phẩm PCR được điện di trên
gel agarose 3%.
Hình 3.1. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR khuếch đại đoạn gen
vùng intron 3 gen TP53 trên gel agarose 3%
Mẫu K114, K115, K117, K118, C96÷C100: kiểu gen A1A1; Mẫu K116:
kiểu gen A1A2; M: Thang chuẩn 100bp, (-): Chứng âm
Nhận xét: Kiểu gen A1A1 có 1 băng duy nhất với kích thước 119bp.
Kiểu gen A1A2 có 2 băng với các kích thước 119bp và 135bp. Băng
DNA rõ nét, không có băng phụ đảm bảo việc xác định kiểu gen đa
hình thêm 16bp tại vùng intron 3 của gen TP53.
11
Bảng 3.2: Kết quả phân tích đa hình thái do thêm 16bp tại vùng intron 3
của gen TP53 ở nhóm bệnh nhân ung thư phổi và nhóm chứng
Ung thư phổi Nhóm chứng
Đa hình
(n=220) (n=230) OR
thái
n % n %
A1A1 212 96,4 226 98,3 1,0
A1A2 8 3,6 4 1,7 2,13 (0,633 - 7,184)
Nhận xét: Kiểu gen A1A2 chiếm tỷ lệ 3,6% trong nhóm bệnh nhân ung
thư phổi cao hơn trong nhóm chứng 1,7%, tuy nhiên sự khác biệt này
không có ý nghĩa thống kê.
3.2.2. Đa hình kiểu gen tại SNP R72P gen TP53
Kết quả xác định kiểu gen tại SNP R72P bằng phương pháp PCR-
RFLP.
Hình 3.2: Hình ảnh điện di sản phẩm cắt đoạn gen TP53 mang SNP R72P
bằng enzym BstUI trên các mẫu nghiên cứu.
M: Thang chuẩn 100bp; (-): Chứng âm; (+): Chứng dương. Mẫu K60, K61, C7 :
Kiểu gen CC (P/P). Mẫu K69, K73, C8: Kiểu gen GG (R/R). Mẫu K46, K48,
C13: Kiểu gen GC (R/P).
Nhận xét: Sản phẩm cắt đoạn gen chứa SNP R72P gen TP53 bởi enzym BstUI
gồm các đoạn DNA có kích thước khác nhau, phù hợp với tính toán lý thuyết.
Kiểu gen đồng hợp GG (R/R) gồm 2 đoạn DNA có kích thước tương ứng là 165
bp và 231 bp (mẫu K69, K73, C8). Kiểu gen đồng hợp CC (P/P) khi điện di chỉ
xuất hiện 1 băng DNA duy nhất có kích thước 396bp (mẫu K60, K61, C7). Sản
phẩm điện di của kiểu gen dị hợp tử GC (R/P) gồm 3 băng với các kích thước
tương ứng: 396bp, 231bp và 165bp (mẫu K46, K48, C13).
Kiểm tra lại kết quả xác định kiểu gen SNP R72P bằng phương
pháp giải trình tự gen.
12
Hình 3.3: Kết quả giải trình tự exon 4 gen TP53 chứa SNP R72P tương ứng
với các kiểu gen GC (R/P), CC (P/P), GG (R/R).
Nhận xét: Kết quả giải trình tự DNA của mẫu nghiên cứu cho thấy hoàn toàn
phù hợp với kết quả phân tích PCR-RFLP.
Bảng 3.3: Các kiểu gen SNP R72P của gen TP53 và
nguy cơ mắc ung thư phổi
Ung thư Nhóm
phổi chứng
Đa hình thái OR, 95%CI
(n=220) (n=230)
n % n %
G 219 49,8 248 53,9 1,0
Alen
C 221 50,2 212 46,1 1,18 (0,91 – 1,53)
G/G 57 25,9 77 33,5 1,0
Kiểu gen
G/C 105 47,7 94 40,9 1,51 (0,97 - 2,35)
C/C 58 26,4 59 25,7 1,33 (0,81 - 2,19)
Kết hợp G/G+G/C 162 73,6 171 74,3 1,0
gen lặn
C/C 58 26,4 59 25,7 1,04 (0,68 - 1,58)
G/G 57 25,9 77 33,5 1,0
Kết hợp
G/C +
gen trội 163 74,1 153 66,5 1,44 (0,96 - 2,16)
C/C
Nhận xét: Kiểu gen dị hợp tử G/C codon 72 gen TP53 chiếm tỷ lệ cao nhất ở cả
nhóm bệnh và nhóm chứng. Kiểu gen G/C và C/C codon 72 gen TP53 có khả
năng làm tăng nguy cơ ung thư phổi nhưng mối liên quan trên chưa có ý nghĩa
thống kê.
3.2.3. Đa hình kiểu gen tại SNP P34P, P36P, P47S,
V217M, G360A
Sử dụng kỹ thuật giải trình tự trực tiếp để phân tích kiểu gen tại các
SNP trên của gen TP53.
13
Bảng 3.4: Bảng tổng hợp kiểu gen của các SNP P34P, P36P, P47S,
V217M, G360A gen TP53
Kiểu gen đồng hợp Kiểu gen đồng
Kiểu gen dị hợp
Kiểu gen nguyên thuỷ hợp đột biến
n % n % n %
C/C C/A A/A
P34P(C>A)
450 100 0 0 0 0
G/G G/A A/A
P36P(G>A)
450 100 0 0 0 0
* *
C/C (P47P) C/T (P47S) T/T (S47S)*
P47S(C>T)
450 100 0 0 0 0
G/G (V217V)* G/A (V217M)* A/A (M217M)*
V217M(G>A)
450 100 0 0 0 0
G/G (G360G)* G/C (G360A)* C/C (A360A)*
G360A(G>C)
450 100 0 0 0 0
(* ) Kiểu gen theo acid amin được mã hoá ở những SNP có thay đổi
trình tự acid amin.
Nhận xét: Không phát hiện được kiểu gen đột biến ở nhóm nghiên cứu
3.3. Kết quả phân tích đa hình kiểu gen SNP309 gen MDM2
Kết quả xác định kiểu gen SNP309T>G gen MDM2 bằng phương
pháp PCR-RFLP.
Hình 3.4: Hình ảnh điện di sản phẩm cắt đoạn gen MDM2 mang SNP309
bằng enzym MspA1i trên các mẫu nghiên cứu.
Mẫu K17, C7: Kiểu gen đồng hợp tử T/T. Mẫu K16, K23, C16: Kiểu gen đồng
hợp tử G/G. Mẫu K7, K13, C18, C21: Kiểu gen dị hợp tử T/G. M: Thang chuẩn
100bp; (-): Chứng âm, (-): Chứng dương.
14
Nhận xét:
Sản phẩm cắt gồm các đoạn DNA có kích thước khác nhau, phù hợp với
tính toán lý thuyết. Mẫu mang kiểu gen T/T gồm 1 băng DNA có kích thước
157bp (mẫu K17, C7). Mẫu mang kiểu gen G/G gồm 2 băng DNA có kích thước
109 bp và 48 bp (mẫu K16, K23, C16 ). Mẫu mang kiểu gen dị hợp tử T/G gồm 3
băng DNA có kích thước 157bp, 109 bp và 48 bp (mẫu K7, K13, C18, C21).
Kiểm tra lại kết quả xác định kiểu gen SNP 309T>G gen
MDM2 bằng phương pháp giải trình tự gen.
.
Hình 3.5: Kết quả giải trình tự đoạn gen chứa SNP 309 T>G gen
MDM2 tương ứng kiểu gen T/T, T/G, G/G
Nhận xét: Kết quả giải trình tự DNA của mẫu nghiên cứu cho thấy hoàn toàn
phù hợp với kết quả phân tích PCR-RFLP.
Bảng 3.5: Các kiểu gen SNP309T>G của gen MDM2 và nguy cơ mắc ung
thư phổi
Ung thư Nhóm
phổi chứng OR, OR*,
Đa hình thái
(n=220) (n=230) 95%CI 95%CI
n % n %
49, 24
T 217 52,4 1,0
3 1
Alen
50, 21 1,13
G 223 47,6
7 9 (0,87 – 1,47)
TT 60 27, 55 23,9 1,0 1,0
3 0,65
44, 13 0,68
TG 97 57,0 (0,41 –
Kiểu gen 1 1 (0,43 – 1,07)
1,03)
1,31 1,10
28,
GG 63 44 19,1 (0,77 – (0,84 –
6
2,32) 1,44)
TT+T 157 71, 18 80,9 1,0 1,0
Kết hợp gen G 4 6
1,61
lặn 28, 1,7
GG 63 44 19,1 (1,03 –
6 (1,09 – 2,63)
2,51)
15
72,
TT 60 55 23,9 1,0 1,0
7
Kết hợp gen
0,78
trội TG + 27, 17 0,84
160 76,1 (0,51 –
GG 3 5 (0,55 – 1,28)
1,20)
OR* được điều chỉnh theo các biến: tuổi, giới, tình trạng hút thuốc lá theo mô
hình hồi quy logistic đa biến.
Nhận xét: Kiểu gen dị hợp tử SNP 309TG chiếm tỷ lệ cao nhất ở cả nhóm bệnh
và nhóm chứng. Kiểu gen đồng hợp tử SNP 309GG làm tăng nguy cơ mắc ung
thư phổi 1,7 lần theo mô hình gen lặn (OR = 1,7; 95%CI= 1,09 – 2,63). Khi
hiệu chỉnh theo các biến tuổi, giới và tình trạng hút thuốc lá theo mô hình hồi
quy logistic đa biến vẫn cho thấy kiểu gen đồng hợp tử SNP 309GG làm
tăng nguy cơ mắc ung thư phổi 1,61 lần theo mô hình gen lặn (OR = 1,61;
95%CI= 1,03 – 2,51).
3.4 Mối liên quan giữa đa hình kiểu gen TP53 và gen MDM2 với
nguy cơ mắc ung thư phổi
3.4.2. Mối liên quan giữa đa hình gen MDM2 SNP309T>G và nguy cơ mắc
ung thư phổi theo một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng trong ung thư
phổi
3.4.2.1. Mối liên quan giữa đa hình kiểu gen MDM2 SNP309T>G và nguy cơ
mắc ung thư phổi theo giới
Bảng 3.6: Mối liên quan giữa đa hình kiểu gen MDM2 SNP309T>G và
nguy cơ mắc ung thư phổi theo giới
OR GG/TT OR TG/TT OR GG/TG+TT OR TG+GG/TT
Nhóm
(95%CI) (95%CI) (95%CI) (95%CI)
1,31 0,69 1,66 0,87
Nam
(0,71 – 2,43) (0,41 – 1,18) (1,01 - 2,76) (0,526 - 1,43)
1,26 0,67 1,67 0,79
Nữ
(0,43 – 3,67) (0,29 – 1,56) (0,68 – 4,06) (0,35 – 1,77)
Nhận xét: Kiểu gen đồng hợp tử SNP 309GG làm tăng nguy cơ mắc ung thư
phổi ở nam giới 1,66 lần theo mô hình gen lặn ( OR-1,66; 95%CI=1,01-2,76).
3.4.2.2. Mối liên quan giữa đa hình kiểu gen MDM2 SNP309T>G và nguy cơ
mắc ung thư phổi theo mô bệnh học
Bảng 3.7: Mối liên quan giữa đa hình kiểu gen MDM2 SNP309T>G và
nguy cơ mắc ung thư phổi theo mô bệnh học
16
OR GG/TT OR TG/TT OR GG/TG+TT OR TG+GG/TT
Nhóm
(95%CI) (95%CI) (95%CI) (95%CI)
UTBM không 1,37 0,72 1,71 0,88
tế bào nhỏ (0,79 – 2,37) (0,45 – 1,14) (1,09 – 2,68) (0,57 – 1,37)
UTBM tế bào 0,94 0,42 1,59 0,55
nhỏ (0,30 – 2,90) (0,15 – 1,18) (0,59 – 4,28) (0,22 – 1,38)
1,40 0,76 1,69 0,92
UTBM tuyến
(0,79 – 2,50) (0,46 – 1,24) (1,05 – 2,72) (0,58 – 1,47)
2,50 1,47 1,88 1,73
UTBM vảy
(0,44 – 14,29) (2,97 – 7,30) (0,55 – 6,38) (0,37 – 8,04)
Nhận xét: Kiểu gen đồng hợp tử SNP 309GG trong nhóm có hút thuốc lá làm
tăng nguy cơ mắc UTBM không tế bào nhỏ 1,71 lần (OR=1,71; 95% CI= 1,09-
2,68) và UTBM tuyến 1,69 lần (OR=1,69; 95%CI= 1,05-2,72) theo mô hình
gen lặn.
3.4.2.3. Mối liên quan giữa đa hình kiểu gen MDM2 SNP309T>G và nguy cơ
mắc ung thư phổi theo tình trạng hút thuốc lá
Bảng 3.8: Mối liên quan giữa đa hình kiểu gen MDM2 SNP309T>G và
nguy cơ mắc ung thư phổi theo tình trạng hút thuốc lá
OR
OR GG/TT OR TG/TT OR TG+GG/TT
Nhóm GG/TG+TT
(95%CI) (95%CI) (95%CI)
(95%CI)
2,09
1,86 0,85 1,12
Có hút thuốc (1,01 –
(0,74 – 4,68) (0,38 – 1,90) (0,52 – 2,40)
4,31)
0,98 1,38
Không hút 0,58 0,68
(0,50 – (0,78 –
thuốc (0,34 – 1,01) (0,41 – 1,14)
1,90) 2,43)
Hút thuốc 1,86 0,92 1,99 1,18
17
<20 bao-năm (0,70 –
(0,48 – 7,26) (0,28 – 3,04) (0,37 – 3,66)
5,65)
Hút thuốc 2,18
1,87 0,80 1,08
>20 bao-năm (0,80 –
(0,53 – 6,60) (0,27 – 2,39) (0,38 – 3,03)
5,98)
Nhận xét: Kiểu gen đồng hợp tử SNP 309GG trong nhóm có hút thuốc lá làm
tăng nguy cơ mắc ung thư phổi 2,09 lần theo mô hình gen lặn (OR= 2,09;
95%CI= 1,01-4,31).
3.4.3. Nguy cơ mắc ung thư phổi khi kết hợp đa hình gen TP53 SNP R72P
và gen MDM2 SNP309T>G
3.4.3.1.Nguy cơ mắc ung thư phổi khi kết hợp đa hình gen TP53 SNP R72P và
gen MDM2 SNP309T>G với hút thuốc lá
Bảng 3.9: Nguy cơ mắc ung thư phổi khi kết hợp đa hình gen TP53 SNP
R72P và gen MDM2 SNP309T>G với hút thuốc lá
Ung thư phổi Nhóm chứng
Đặc điểm OR
n % n %
Không hút thuốc 126 57,3 162 70,4 1,00
1,78
Hút thuốc 94 42,7 68 29,6
(1,20 - 2,62)
Hút thuốc < 20
43 45,7 33 48,5 1,68 (1,01 – 2,79)
bao.năm
Hút thuốc > 20
51 54,3 35 51,5 1,87 (1,15 – 3,06)
bao.năm
GG gen TP53
SNP R72P và 32 57,1 53 80,3 1,00
không hút thuốc
CC gen TP53
3,06
SNP R72P và hút 24 42,9 13 19,7
(1,37 - 6,84)
thuốc
TT gen MDM2
SNP309T>G và 41 55,4 40 74,1 1,00
không hút thuốc
GG gen MDM2 2,30
SNP309T>G và 33 44,6 14 25,9 (1,07 - 4,93)
hút thuốc
Nhận xét:
- Hút thuốc lá làm tăng nguy cơ mắc ung thư phổi 1,78 lần (OR= 1,78;
95%CI= 1,20-2,62).
18
- Hút thuốc lá >20 bao-năm làm tăng nguy cơ mắc ung thư phổi lên 1,87 lần (
OR=1,87; 95%CI= 1,15-3,06) cao hơn nguy cơ mắc ung thư phổi khi hút
thuốc lá <20 bao-năm (OR=1,68; 95%CI= 1,01 – 2,79).
- Người mang kiểu gen CC gen TP53 SNP R72P có hút thuốc lá nguy cơ
mắc ung thư phổi tăng cao gấp 3,06 lần so với người mang kiểu gen GG và
không hút thuốc lá (OR=3,06; 95%CI= 1,37-6,48).
- Người mang kiểu gen GG gen MDM2 SNP309T>G có hút thuốc lá nguy
cơ mắc ung thư phổi tăng cao gấp 2,3 lần so với người mang kiểu gen TT và
không hút thuốc lá (OR= 1,07-4,93).
Chương 4
BÀN LUẬN
4.1. Đặc điểm chung của nhóm nghiên cứu
Tuổi: BN trẻ nhất là 33 tuổi và lớn tuổi nhất là 86 tuổi, tuổi
trung bình là 59,89 ± 9,432 tuổi. Độ tuổi thường gặp nhất là 50-70 tuổi
(72,7%), phần lớn các BN có độ tuổi từ 45 trở lên (93,6%) và BN ung
thư phổi trẻ tuổi (dưới 40 tuổi) chỉ ghi nhận 5 trường hợp (2,7%). Kết
quả này cũng phù hợp với ghi nhận của một số nghiên cứu trong nước
và quốc tế. Ngô Quý Châu và cộng sự năm 2012 khi nghiên cứu về ung
thư phổi tại Trung tâm Hô hấp bệnh viện Bạch mai cũng công bố tuổi
trung bình mắc ung thư phổi trong nhóm nghiên cứu là 58,9 ± 8,6. Yang
P. và CS (2005) ghi nhận, tuổi trung bình của nhóm nghiên cứu là 65,4
± 11,0 tuổi.
Giới: Kết quả nghiên cứu của chúng tôi đã góp phần khẳng định
lại sự phổ biến của ung thư phổi ở nam giới hơn so với nữ giới với tỷ lệ
nam/nữ là 2,86/1. Theo Ngô Quý Châu và CS. nghiên cứu năm 2012 tại
Trung tâm Hô hấp Bệnh viện Bạch Mai, bệnh nhân nam giới chiếm
73,3%, tỷ lệ nam/nữ là 2,75/1.
Hút thuốc lá: Nghiên cứu về ung thư phổi, hầu hết các nghiên
cứu đều đề cập đến yếu tố hút thuốc lá, tuy nhiên đây lại là một yếu tố
khó lượng giá và tách rời khỏi những ảnh hưởng của môi trường.
Nghiên cứu của chúng tôi ghi nhận 94/220 (42,7%) trường hợp có hút
thuốc và không có bệnh nhân nữ có hút thuốc lá. Phân tích tỷ lệ hút
thuốc lá ở cả 2 nhóm bệnh nhân ung thư phổi và nhóm chứng, kết quả
nghiên cứu của của chúng tôi đã khẳng định lại một lần nữa hút thuốc lá
làm tăng nguy cơ ung thư phổi gấp 1,78 lần so với không hút thuốc.
Không những vậy, mức độ nguy cơ còn tăng theo số bao – năm. Với
những người hút < 20 bao-năm, nguy cơ mắc ung thư phổi tăng 1,68 lần
TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI
TRẦN KHÁNH CHI
XÁC ĐỊNH TÍNH ĐA HÌNH CỦA CÁC GEN TP53
VÀ GEN MDM2 Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ PHỔI
CHUYÊN NGÀNH : HÓA SINH Y HỌC
MÃ SỐ : 62720112
TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC
HÀ NỘI - 2019
CÔNG TRÌNH ĐƯỢC HOÀN THÀNH TẠI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI
Người hướng dẫn khoa học: 1. PGS. TS. Trần Huy Thịnh
2. PGS.TS. Nguyễn Thị Hà
Phản biện 1: PGS.TS. Nguyễn Nghiêm Luật
Phản biện 2: PGS.TS. Phan Quốc Hoàn
Phản biện 3: TS. Trần Thị Chi Mai
Luận án được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án Tiến sỹ cấp
Trường họp tại Trường Đại học Y Hà Nội.
Vào hồi giờ ngày tháng năm 2019
Có thể tìm hiểu luận án tại:
- Thư viện Quốc gia Việt Nam
- Thư viện Trường Đại học Y Hà Nội
1
ĐẶT VẤN ĐỀ
1. Tính cấp thiết của đề tài
Ung thư phổi là loại ung thư thường gặp nhất và có tỷ lệ tử vong
cao nhất trong các loại ung thư hiện nay. Việt Nam là nước có tỷ lệ ung
thư phổi đứng đầu trong các ung thư ở nam giới và đứng thứ 3 trong các
ung thư ở nữ giới. Việc phát hiện sớm các yếu tố nguy cơ để có biện
pháp theo dõi và chẩn đoán sớm, can thiệp kịp thời sẽ đóng vai trò đặc
biệt quan trọng nhằm ngăn ngừa sự phát sinh, phát triển ung thư đồng
thời nâng cao hiệu quả của công tác khám và điều trị bệnh.
Các gen TP53 và MDM2 là nhóm gen nằm trong con đường tín
hiệu TP53 đóng vai trò quan trọng trong việc duy trì tính ổn định của bộ
gen dưới tác động của các yếu tố có hại như sự thương tổn DNA, giảm
oxy máu, rối loạn chuyển hóa hay tăng cường hoạt động của các gen
sinh ung thư. Với mỗi biến đổi xảy ra trên TP53 hay MDM2 đều có thể
làm thay đổi quá trình sinh lý tế bào và dẫn đến nguy cơ phát sinh, phát
triển ung thư. TP53 và MDM2 đều là những gen đa hình, nhiều đa hình
nucleotid đơn của 2 gen này đã được tìm thấy tạo ra những kiểu gen
(genotype) khác nhau trong cộng đồng. Tuy nhiên, không phải tất cả
các kiểu gen đó đều có khả năng thúc đẩy sự hình thành và tiến triển
ung thư. Trên thực tế, người ta đã xác định được một số SNPs của gen
TP53 và MDM2 có vai trò quan trọng trong bệnh sinh một số loại ung
thư, trong đó có ung thư phổi. Việc xác định các SNPs này có vai trò
quan trọng trong việc đánh giá nguy cơ mắc bệnh và khả năng đáp ứng
điều trị đối với từng cá thể. Tại Việt Nam, trong những năm gần đây đã
có một số công trình nghiên cứu về vai trò của gen TP53 trong ung thư
phổi, tuy nhiên chưa có nghiên cứu nào đánh giá tính đa hình của gen
TP53 cũng như vai trò của gen MDM2 thông qua các SNPs liên quan
đến ung thư phổi.
2. Mục tiêu của đề tài
1. Xác định tỷ lệ kiểu gen của một số đa hình gen TP53 và gen
MDM2 ở bệnh nhân ung thư phổi và người bình thường.
2. Phân tích mối liên quan giữa một số đa hình gen TP53 và
gen MDM2 với nguy cơ ung thư phổi.
3. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài
Các biến thể trong trình tự DNA của con người có thể ảnh hưởng
đến cách cơ thể phát triển bệnh, cách cơ thể đáp ứng với các tác nhân
gây bệnh, các hóa chất, thuốc, vaccin và các loại tác nhân khác. Các
2
SNP được cho là chìa khóa tiềm năng trong việc thực hiện y học cá thể
hoá. Tuy nhiên, vai trò quan trọng nhất của chúng trong các nghiên cứu
y học là để so sánh các vùng của hệ gen giữa các nhóm người (có thể là
giữa bệnh nhân và người khỏe mạnh) trong các nghiên cứu ở mức toàn
bộ hệ gen (genome-wide association studies - GWAS). Trong nghiên
cứu này, chúng tôi tiến hành tìm hiểu tỷ lệ các kiểu gen đa hình ở nhóm
bệnh nhân ung thư phổi và nhóm đối chứng, so sánh giữa 2 nhóm và tính
toán tỷ suất chênh để xác định nguy cơ mắc ung thư phổi trên cá đối
tượng này. Các kỹ thuật sinh học phân tử được sử dụng để xác định các
kiểu gen tại các đa hình nucleotid đơn của gen TP53 và MDM2. Các kiểu
gen nguy cơ sẽ có thể phát triển thành các phương tiện sàng lọc sớm và tư
vấn cho cộng đồng, để phòng tránh, ngăn ngừa sự hình thành và phát
triển ung thư phổi. Đây được xem như một hướng tiếp cận mới đầy triển
vọng, góp phần làm giảm tỷ lệ mắc ung thư phổi.
4. Cấu trúc luận án
- Luận án được trình bày trong 116 trang (không kể tài liệu tham
khảo và phần phụ lục). Luận án được chia làm 7 phần:
+ Đặt vấn đề: 2 trang
+ Chương 1: Tổng quan tài liệu 36 trang
+ Chương 2: Đối tượng và phương pháp nghiên cứu 12 trang
+ Chương 3: Kết quả nghiên cứu 31 trang
+ Chương 4: Bàn luận 32 trang
+ Kết luận: 2 trang
+ Khuyến nghị: 1 trang
Luận án gồm 26 bảng, 35 hình. Sử dụng 192 tài liệu tham khảo
gồm tiếng Việt và tiếng Anh. Phần phụ lục gồm bệnh án nghiên cứu,
danh sách 220 bệnh nhân ung thư phổi nguyên phát và 230 người đối
chứng, các quy trình kỹ thuật.
Chương 1
TỔNG QUAN
1. Ung thư phổi
1.1. Dich tễ học ung thư phổi
Những nghiên cứu dịch tễ học hiê ̣n nay ghi nhận, ung thư phổi là
loại ung thư thường gặp nhất và có tỷ lệ tử vong cao nhất trong các loại
hình ung thư. Theo số liê ̣u thống kê tình hình ung thư trên toàn thế giới
(Globocan 2012), ước tính thế giới có khoảng 1,82 triệu ca ung thư phổi
mới mắc và khoảng 1,59 triệu ca tử vong do ung thư phổi. Tại Hoa Kỳ,
thống kê cập nhật năm 2016, ung thư phổi là loại ung thư có tỷ lệ tử
3
vong cao nhất và tỷ lệ mới mắc đứng thứ hai ở cả hai giới. Ước tính
năm 2016, Hoa Kỳ có khoảng 224.390 trường hợp ung thư phổi mới
được phát hiện và khoảng 158.080 ca tử vong, chiếm đến 26,5% tổng số
ca tử vong do ung thư.
Các thống kê cho thấy, ung thư phổi phổ biến hơn ở nam giới. Tại
các nước đang phát triển, tỷ lệ nam/nữ là 2,4/1 trong khi tại các nước
phát triển, tỷ lệ nam/nữ là 1,8/1. Số ca mới mắc ở nữ giới đứng thứ 3
trong các loại hình ung thư (sau ung thư vú và đại trực tràng) nhưng số
ca tử vong chỉ đứng sau số ca tử vong do ung thư vú.
Theo các ghi nhận ung thư mới nhất tại Việt Nam, sau 10 năm từ
2000 đến 2010, tỷ lệ mắc ung thư phổi ở nữ đã tăng hơn 200%
(6,4/100.000 năm 2000 đến 13,9/100.000 dân năm 2010), ung thư phổi
cũng là một trong 5 loại ung thư có tốc độ tăng nhanh nhất.
1.2. Bệnh nguyên, bệnh sinh ung thư phổi
Hút thuốc lá được coi là yếu tố nguy cơ chính gây nên ung
thư phổi, khoảng 80- 85% ca được chẩn đoán ung thư phổi trên thế
giới có hút thuốc lá. Mức độ tăng nguy cơ phụ thuộc vào: tuổi bắt
đầu hút (hút càng sớm nguy cơ càng cao), số bao- năm (càng lớn
nguy cơ càng cao), thời gian hút càng dài (nguy cơ mắc bệnh càng
lớn), nguy cơ ung thư phổi ở người hút thuốc lá cao gấp 10 lần so
với người không hút thuốc. Các nghiên cứu cũng chỉ ra rằng, ngay cả
những người không trực tiếp hút thuốc lá nhưng thường xuyên tiếp
xúc với người hút thuốc (hút thuốc lá thụ động) cũng có nguy cơ ung
thư phổi rất cao. Ngoài ra còn rất nhiều yếu tố được coi là yếu tố
nguy cơ cho ung thư phổi như ô nhiễm không khí, các bức xạ ion
hóa, phơi nhiễm nghề nghiệp, virus, chế độ ăn, tiền sử mắc các bệnh
phế quản phổi.
Các nghiên cứu ở cấp đô ̣ phân tử cho thấy, sự phát sinh, phát
triển ung thư phổi diễn ra qua nhiều giai đoạn dưới tác động của các
yếu tố nguy cơ, sự mẫn cảm gen và quá trình tích lũy đột biến xảy ra
trên các gen gây ung thư (oncogene) và gen áp chế ung thư (tumor
suppressor gene). Các cơ chế điều hòa gen vốn hoạt đô ̣ng nhịp
nhàng và chă ̣t chẽ khi bị rối loạn sẽ dẫn tới sự tăng cường hay ức
chế bất thường các gen chức năng.
4
Hình 1.1: Các con đường tín hiệu phân tử trong bệnh sinh ung thư phổi.
(Theo Pass và cộng sự).
2. Gen TP53 và MDM2
2.1 Gen áp chế ung thư TP53
Gen TP53 nằm trên nhánh ngắn của nhiễm sắc thể số 17 (17p13.1),
dài 20kb bao gồm 11 exon (từ E1 đến E11, trong đó E1 không mã hóa)
và 10 intron. Gen TP53 mã hóa cho protein TP53 người là một
phosphoprotein có trọng lượng phân tử 53 kDa bao gồm 393 acid amin
với 3 vùng chức năng khác nhau.
Gen TP53 có vai trò quan trọng trong sửa chữa DNA, kiểm soát
chu kỳ tế bào và apoptosis. Sự khiếm khuyết gen TP53 cho phép sự
tăng sinh tế bào bất thường và dẫn đến hình thành ung thư. Khi cơ thể
bị tác động bởi các kích thích (tổn thương DNA, stress tế bào, thiếu
oxy, sự biểu hiện quá mức oncogen), TP53 sẽ được hoạt hóa gây dừng
chu kỳ phân bào cho đến khi DNA được sửa chữa hoặc gây apoptosis
nếu DNA tổn thương không sửa chữa được. Vì vậy, TP53 được xem
như trạm gác của bộ gen tế bào (guardian genome). Ngoài ra, TP53 còn
có khả năng hoạt hóa hoặc ức chế một số gen khác.
5
2.2 Gen MDM2
Gen MDM2 (Murine double minute 2) còn được gọi là HDM2
(Human double minute 2) gồm có 12 exon và 1 intron nằm trên nhánh
dài của NST số 12, được xác định lần đầu tiên năm 1980. Phân tử
protein MDM2 được tổng hợp có 491 acid amin, gồm 5 vùng cấu trúc
chức năng.
Cho đến nay, vai trò quan trọng nhất được biết đến của MDM2 là
điều hòa hoạt động của gen TP53 trong con đường tín hiệu TP53. Ở
điều kiện bình thường, MDM2 gắn kết vào vùng kích hoạt sao chép của
TP53, kiểm soát sự phân bố và giáng hóa của protein TP53. Ngược lại,
TP53 hoạt hóa sẽ thúc đẩy quá trình sao chép MDM2 do đó sự biểu hiện
của TP53 và MDM2 trong tế bào luôn được giữ ở trạng thái cân bằng
thông qua quá trình điều hòa ngược giữa MDM2 và TP53. Khi xuất hiện
các yếu tố kích thích (tổn thương DNA, stress tế bào, thiếu oxy, sự biểu
hiện quá mức oncogene), MDM2 sẽ được phosphoryl hóa và bộc lộ
vùng hoạt hóa của TP53, khởi phát các chức năng của TP53.
3. Đa hình gen TP53, MDM2 và ung thư phổi
Hiện tượng đa hình nucleotid đơn (SNP) là sự khác nhau về trình tự
DNA ở trong bộ gen giữa các cá thể của một loài hay giữa các cặp
nhiễm sắc thể của một người. Đây là một hiện tượng phổ biến, được coi
là hậu quả của những đột biến điểm thay thế một cặp nucleotid. Theo
kết quả của các nghiên cứu đã được công bố thì có rất nhiều SNPs được
tìm thấy trên vùng mã hóa và không mã hóa của gen TP53 và gen
MDM2. Các SNPs này đã tạo ra các kiểu gen (genotype) khác nhau của
TP53 và MDM2 trong cộng đồng. Một số SNPs đóng vai trò quan trọng
đối với sự phát sinh phát triển của nhiều loại ung thư và được coi là
những yếu tố nguy cơ cần được quan tâm.
Các SNP được phân tích trong nghiên cứu này có thể làm thay đổi
trình tự mã hoá hoặc không nhưng chúng đều nằm ở các vùng chức
năng quan trọng của TP53. Những vùng trên lý thuyết có thể ảnh hưởng
đến khả năng kiểm soát sự hình thành khối u Đầu tiên phải kể đến là
hiện tượng đa hình thái do sự thêm 16 base pair tại vùng không mã hóa
thứ 3 (intron-3) của TP53. Những người mang kiểu gen này thì sự biểu
hiện protein TP53 trong tế bào ở mức thấp và có nguy cơ cao mắc một
số loại ung thư bao gồm ung thư phổi, ung thư vú và ung thư đại trực
tràng. Điều này chứng tỏ rằng SNPs có khả năng thay đổi quá trình
hoàn thiện mRNA. Bên cạnh đó các SNPs trên vùng mã hóa của TP53
tại các bộ ba mã hóa 21 (GAC → GAT), 34 (CCC → CCA) và 36
6
(CCG → CCT) mặc dù không làm thay đổi trình tự acid amin nhưng
cũng làm giảm sự biểu hiện của protein TP53. Nhiều nghiên cứu đã chỉ
ra rằng các SNPs này nằm tại vùng N-tận của TP53 chứa vị trí tương tác
của với MDM2 và làm giảm khả năng dịch mã của TP53 mRNA. Mặt
khác, các SNPs trên vùng mã hóa làm thay đổi trình tự acid amin đều có
thế dẫn đến sự thay đổi khả năng bám của TP53 đối với đoạn trình tự
đặc hiệu tại gen đích, thay đổi quá trình hoàn thiện, tính ổn định của
protein cũng như thay đổi khả năng tương tác của TP53 với các protein
nội bào. Đây là những SNPs nằm tại các bộ ba mã hóa 47 (P47S), 72
(R72P), 217 (V217M) và 360 (G360A). Trong điều kiện bình thường,
dưới tác động của protein p38 và homeodomain-interacting protein
kinase 2 (HIPK2) TP53 được phosphoryl hóa tại vị trí S46 dẫn đến sự
tăng cường sao chép các gen liên quan đến quá trình chết theo chương
trình (appotosis). Và khi alen TP53-P47 được thay thế bởi alen TP53-
S47 sự phosphoryl hóa tại vị trí S46 bị giảm sút làm giảm hoạt tính tác
động lên các gen đích của quá trình thực bào và tăng khả năng mắc ung
thư.
Tương tự như vậy, tính đa hình thái tại bộ ba mã hóa 72 (R72P) đã
tạo ra 2 kiểu gen đối với vị trí này là TP53-R72 và TP53-P72. Nghiên
cứu của Boldrine và cộng sự cho thấy kiểu gen đồng hợp tử TP53-P72
có nguy cơ cao mắc ung thư phổi [48]. Đồng thời kiểu gen TP53-P72
cùng với kiểu gen G/G của MDM2 cũng thường gặp trên những bệnh
nhân ung thư phổi hút thuốc lá lâu năm. Đối với 2 dạng SNPs còn lại,
V217M nằm trên vùng bám vào DNA của TP53 (DNA binding
domain), SNPs này có khả năng làm giảm hoạt động của TP53 và các
gen bị ảnh hưởng trực tiếp gồm có CDKN1A, BAX và PMAIP1.
Nghiên cứu chức năng cho thấy kiểu gen TP53-M217 có sự biểu hiện
của những gen trên cao gấp nhiều lần kiểu gen TP53-V217. Như vậy
kiểu gen TP53-M217 có khả năng bảo vệ tế bào chống lại các tác nhân
gây ung thư tốt hơn kiểu gen TP53-V217. Tuy nhiên cơ chế phân tử của
hiện tượng này vẫn chưa thực sự rõ ràng. SNPs G360A nằm tại vùng
nối của TP53. SNPs này tác động lên sự biểu hiện của BAX và MDM2,
đây là những gen quan trọng trong con đường tín hiệu TP53.
Đa hình thái nucleotid đơn của gen MDM2 tại intron đầu tiên,
rs2279744 (MDM2 - SNP309), với sự biến đổi từ T thành G (MDM2 -
SNP309 T > G) làm gia tăng ái lực của SP1 (Stimulatory protein 1) với
MDM2, kết quả làm tăng sự biểu hiện của MDM2 dẫn đến gen TP53 bị
ức chế và là điều kiện cho các tế bào ung thư hình thành và tiến triển.
7
Nhiều nghiên cứu dịch tễ gen trên thế giới đã được tiến hành nhằm
tìm kiếm sự liên quan giữa các đa hình nucleotid đơn của gen TP53 và
MDM2 và ung thư phổi. các kết quả công bố vẫn còn chưa được thống
nhất nhưng có một điểm chung các nghiên cứu đều ghi nhận đa hình
R72P gen TP53 và 309T>G gen MDM2 là hai SNP liên quan nhiều nhất
với ung thư phổi. Khác biệt của các nghiên cứu có thể được giải thích
do sự khác biệt về cỡ mẫu hay các yếu tố về chủng tộc và môi trường
sống của quần thể nghiên cứu là khác nhau.
Thực tế ung thư là kết quả của một quá trình phức tạp trong đó có
sự tương tác của nhiều yếu tố như kiểu gen, đặc điểm sinh học cũng như
môi trường sống. Vì vậy, khi nghiên cứu về các SNP trong ung thư phổi
cần có những phân tích liên quan với các đặc điểm sinh học hay tình
trạng hút thuốc lá, ô nhiễm môi trường sống để có thể đánh giá một
cách toàn diện, đem lại những thông tin giá trị cho chiến lược dự phòng
ung thư phổi.
Chương 2
ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1. Đối tượng nghiên cứu
Nghiên cứu được thực hiện trên 220 bệnh nhân ung thư phổi
nguyên phát chẩn đoán tại Trung tâm Hô hấp, Trung tâm Y học hạt
nhân và Ung bướu- Bệnh viện Bạch Mai và 230 đối chứng từ tháng 10
năm 2013 đến tháng 12 năm 2014.
2.1.1. Tiêu chuẩn lựa chọn bệnh nhân
- 220 bệnh nhân được chẩn đoán xác định ung thư phổi tại Trung tâm
Hô Hấp, Trung tâm Y học hạt nhân và Ung bướu- Bệnh viện Bạch Mai
bằng kết quả xét nghiệm mô bệnh học.
- Đồng ý tham gia nghiên cứu.
2.1.2. Tiêu chuẩn loại trừ
- Ung thư phổi thứ phát.
- Ung thư phổi có kkm theo các ung thư khác.
- Không đồng ý tham gia nghiên cứu.
2.1.3. Nhóm chứng
- 230 đối chứng được lựa chọn từ những người đến khám sức khỏe tại
khoa Khám bệnh- Bệnh viện Bạch Mai. Nhóm chứng được khám lâm
sàng, làm các xét nghiệm cận lâm sàng, chụp XQ phổi, siêu âm và được
kết luận không mắc ung thư phổi hay bất cứ loại ung thư nào khác.
- Tương ứng về tuổi và giới với nhóm bệnh nhân ung thư phổi.
8
2.1.4. Các đa hình gen được phân tích
- Gen TP53
+ Thêm đoạn 16 cặp base pair tại intron 3 (dup 16).
+ SNP P34P, tại codon 34, exon 4 (CCC →CCA), mã hoá Prolin.
+ SNP P36P, tại codon 36, exon 4 (CCG →CCA), mã hoá Prolin.
+ SNP P47S, tại codon 47, exon 4, (CCG hoặc TCG), tương ứng
với Prolin hoặc Serin.
+ SNP R72P tại codon 72, exon 4, (CGC hoặc CCC), tương ứng
với Arginin hoặc Prolin.
+ SNP V217M, tại codon 217, exon 6, (GTG hoặc ATG), tương
ứng với Valin hoặc Methionine.
+ SNP G360A tại codon 360, exon 10, (GGG hoặc GCG), tương
ứng với Glycin hoặc Alanin.
- Gen MDM2: đa hình nucleotid đơn tại vị trí nucleotid 309, intron 1
vùng promoter của gen.
2.2. Phương pháp nghiên cứu
Nghiên cứu mô tả cắt ngang có đối chứng.
2.3. Thời gian địa điểm nghiên cứu
Thời gian từ tháng 10 năm 2013 đến tháng 10 năm 2017.
Địa điểm nghiên cứu: Bộ môn Hóa Sinh trường Đại học Y Hà Nội.
Trung tâm Hô hấp, Trung tâm Y học hạt nhân và Ung bướu- Bệnh viện
Bạch Mai. Trung tâm nghiên cứu Gen và Protein, trường Đại Học Y Hà
Nội.
2.4. Đạo đức trong nghiên cứu
Đề tài đã được thông qua Hội đồng đạo đức của Trường Đại
học Y Hà Nội học theo Quyết định số 188/HĐĐĐĐHYHN, ngày
31/1/2013
2.5. Kinh phí thức hiện đề tài
Đề tài được thực hiện với sự hỗ trợ kinh phí của đề tài nhánh
cấp nhà nước “Đánh giá sự phân bố kiểu gen của một số gen liên
quan đến ung thư phổi và ung thư gan” thuộc đề tài nhiệm vụ Quỹ
gen “Đánh giá đặc điểm di truyền người Việt Nam”.
2.6. Quy trình và các kỹ thuật sử dụng trong nghiên cứu
Các kỹ thuật sử dụng trong nghiên cứu bao gồm: Thu thập thông
tin bệnh nhân theo bệnh án nghiên cứu. Kỹ thuật tách chiết DNA từ các
mẫu máu ngoại vi. Phản ứng PCR xác định kiểu gen của đa hình Dup16
gen TP53. Kỹ thuật enzym cắt giới hạn (RFLP) để xác định kiểu gen tại
đa hình R72P gen TP53 và 309T>G gen MDM2. Kỹ thuật giải trình tự
9
trực tiếp để xác định kiểu gen tại các đa hình P34P, P36P, P47S,
V217M, G360A của gen TP53. Quy trình nghiên cứu theo sơ đồ.
SƠ ĐỒ NGHIÊN CỨU
Chương 3
KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
3.1. Đặc điểm chung của nhóm nghiên cứu
Bảng 3.1: Đặc điểm chung của nhóm nghiên cứu
Bệnh nhân Nhóm
ung thư phổi chứng
Đặc điểm p
(220) (230)
n % n %
60,67 ±
Tuổi (năm) X SD 59,89 ± 9,432
9,335
0,379
15
Nam 163 74,1 68,3
Giới 7 0,173
Nữ 57 25,9 73 31,7
Có 94 42,7 68 29,6
16 0,004
Tiền sử hút thuốc Không 126 57,3 70,4
2
lá
< 20 bao-năm 43 45,7 33 48,5
0,726
>20 bao-năm 51 54,3 35 51,5
10
UTBM tuyến 161 73,2
Mô UTBM
UTBM vảy 13 5,9
bệnh KTBN
UTBM loại khác 25 11,4
học
UTBMTBN 21 9,5
Nhận xét:
- Ung thư biểu mô tuyến chiếm tỷ lệ cao nhất trong các typ mô bệnh
học.
- Tỷ lệ hút thuốc lá ở nhóm bệnh là 42,7% cao hơn và có ý nghĩa thống
kê so với nhóm chứng (p=0,004). Tỷ lệ bệnh nhân ung thư phổi hút
thuốc lá > 20 bao-năm là 54,3% không có sự khác biệt với tỷ lệ bệnh
nhân ung thư phổi hút thuốc lá < 20 bao-năm là 45,7% (p=0,726).
- Không gặp nữ giới hút thuốc lá trong nghiên cứu.
3.2 Kết quả phân tích kiểu gen TP53
3.2.1. Thêm đoạn 16 base pairs tại intron 3 (dup16)
Đoạn gen mang vùng intron 3 gen TP53 được khuếch đại bằng
phản ứng PCR với cặp mồi đặc hiệu, sản phẩm PCR được điện di trên
gel agarose 3%.
Hình 3.1. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR khuếch đại đoạn gen
vùng intron 3 gen TP53 trên gel agarose 3%
Mẫu K114, K115, K117, K118, C96÷C100: kiểu gen A1A1; Mẫu K116:
kiểu gen A1A2; M: Thang chuẩn 100bp, (-): Chứng âm
Nhận xét: Kiểu gen A1A1 có 1 băng duy nhất với kích thước 119bp.
Kiểu gen A1A2 có 2 băng với các kích thước 119bp và 135bp. Băng
DNA rõ nét, không có băng phụ đảm bảo việc xác định kiểu gen đa
hình thêm 16bp tại vùng intron 3 của gen TP53.
11
Bảng 3.2: Kết quả phân tích đa hình thái do thêm 16bp tại vùng intron 3
của gen TP53 ở nhóm bệnh nhân ung thư phổi và nhóm chứng
Ung thư phổi Nhóm chứng
Đa hình
(n=220) (n=230) OR
thái
n % n %
A1A1 212 96,4 226 98,3 1,0
A1A2 8 3,6 4 1,7 2,13 (0,633 - 7,184)
Nhận xét: Kiểu gen A1A2 chiếm tỷ lệ 3,6% trong nhóm bệnh nhân ung
thư phổi cao hơn trong nhóm chứng 1,7%, tuy nhiên sự khác biệt này
không có ý nghĩa thống kê.
3.2.2. Đa hình kiểu gen tại SNP R72P gen TP53
Kết quả xác định kiểu gen tại SNP R72P bằng phương pháp PCR-
RFLP.
Hình 3.2: Hình ảnh điện di sản phẩm cắt đoạn gen TP53 mang SNP R72P
bằng enzym BstUI trên các mẫu nghiên cứu.
M: Thang chuẩn 100bp; (-): Chứng âm; (+): Chứng dương. Mẫu K60, K61, C7 :
Kiểu gen CC (P/P). Mẫu K69, K73, C8: Kiểu gen GG (R/R). Mẫu K46, K48,
C13: Kiểu gen GC (R/P).
Nhận xét: Sản phẩm cắt đoạn gen chứa SNP R72P gen TP53 bởi enzym BstUI
gồm các đoạn DNA có kích thước khác nhau, phù hợp với tính toán lý thuyết.
Kiểu gen đồng hợp GG (R/R) gồm 2 đoạn DNA có kích thước tương ứng là 165
bp và 231 bp (mẫu K69, K73, C8). Kiểu gen đồng hợp CC (P/P) khi điện di chỉ
xuất hiện 1 băng DNA duy nhất có kích thước 396bp (mẫu K60, K61, C7). Sản
phẩm điện di của kiểu gen dị hợp tử GC (R/P) gồm 3 băng với các kích thước
tương ứng: 396bp, 231bp và 165bp (mẫu K46, K48, C13).
Kiểm tra lại kết quả xác định kiểu gen SNP R72P bằng phương
pháp giải trình tự gen.
12
Hình 3.3: Kết quả giải trình tự exon 4 gen TP53 chứa SNP R72P tương ứng
với các kiểu gen GC (R/P), CC (P/P), GG (R/R).
Nhận xét: Kết quả giải trình tự DNA của mẫu nghiên cứu cho thấy hoàn toàn
phù hợp với kết quả phân tích PCR-RFLP.
Bảng 3.3: Các kiểu gen SNP R72P của gen TP53 và
nguy cơ mắc ung thư phổi
Ung thư Nhóm
phổi chứng
Đa hình thái OR, 95%CI
(n=220) (n=230)
n % n %
G 219 49,8 248 53,9 1,0
Alen
C 221 50,2 212 46,1 1,18 (0,91 – 1,53)
G/G 57 25,9 77 33,5 1,0
Kiểu gen
G/C 105 47,7 94 40,9 1,51 (0,97 - 2,35)
C/C 58 26,4 59 25,7 1,33 (0,81 - 2,19)
Kết hợp G/G+G/C 162 73,6 171 74,3 1,0
gen lặn
C/C 58 26,4 59 25,7 1,04 (0,68 - 1,58)
G/G 57 25,9 77 33,5 1,0
Kết hợp
G/C +
gen trội 163 74,1 153 66,5 1,44 (0,96 - 2,16)
C/C
Nhận xét: Kiểu gen dị hợp tử G/C codon 72 gen TP53 chiếm tỷ lệ cao nhất ở cả
nhóm bệnh và nhóm chứng. Kiểu gen G/C và C/C codon 72 gen TP53 có khả
năng làm tăng nguy cơ ung thư phổi nhưng mối liên quan trên chưa có ý nghĩa
thống kê.
3.2.3. Đa hình kiểu gen tại SNP P34P, P36P, P47S,
V217M, G360A
Sử dụng kỹ thuật giải trình tự trực tiếp để phân tích kiểu gen tại các
SNP trên của gen TP53.
13
Bảng 3.4: Bảng tổng hợp kiểu gen của các SNP P34P, P36P, P47S,
V217M, G360A gen TP53
Kiểu gen đồng hợp Kiểu gen đồng
Kiểu gen dị hợp
Kiểu gen nguyên thuỷ hợp đột biến
n % n % n %
C/C C/A A/A
P34P(C>A)
450 100 0 0 0 0
G/G G/A A/A
P36P(G>A)
450 100 0 0 0 0
* *
C/C (P47P) C/T (P47S) T/T (S47S)*
P47S(C>T)
450 100 0 0 0 0
G/G (V217V)* G/A (V217M)* A/A (M217M)*
V217M(G>A)
450 100 0 0 0 0
G/G (G360G)* G/C (G360A)* C/C (A360A)*
G360A(G>C)
450 100 0 0 0 0
(* ) Kiểu gen theo acid amin được mã hoá ở những SNP có thay đổi
trình tự acid amin.
Nhận xét: Không phát hiện được kiểu gen đột biến ở nhóm nghiên cứu
3.3. Kết quả phân tích đa hình kiểu gen SNP309 gen MDM2
Kết quả xác định kiểu gen SNP309T>G gen MDM2 bằng phương
pháp PCR-RFLP.
Hình 3.4: Hình ảnh điện di sản phẩm cắt đoạn gen MDM2 mang SNP309
bằng enzym MspA1i trên các mẫu nghiên cứu.
Mẫu K17, C7: Kiểu gen đồng hợp tử T/T. Mẫu K16, K23, C16: Kiểu gen đồng
hợp tử G/G. Mẫu K7, K13, C18, C21: Kiểu gen dị hợp tử T/G. M: Thang chuẩn
100bp; (-): Chứng âm, (-): Chứng dương.
14
Nhận xét:
Sản phẩm cắt gồm các đoạn DNA có kích thước khác nhau, phù hợp với
tính toán lý thuyết. Mẫu mang kiểu gen T/T gồm 1 băng DNA có kích thước
157bp (mẫu K17, C7). Mẫu mang kiểu gen G/G gồm 2 băng DNA có kích thước
109 bp và 48 bp (mẫu K16, K23, C16 ). Mẫu mang kiểu gen dị hợp tử T/G gồm 3
băng DNA có kích thước 157bp, 109 bp và 48 bp (mẫu K7, K13, C18, C21).
Kiểm tra lại kết quả xác định kiểu gen SNP 309T>G gen
MDM2 bằng phương pháp giải trình tự gen.
.
Hình 3.5: Kết quả giải trình tự đoạn gen chứa SNP 309 T>G gen
MDM2 tương ứng kiểu gen T/T, T/G, G/G
Nhận xét: Kết quả giải trình tự DNA của mẫu nghiên cứu cho thấy hoàn toàn
phù hợp với kết quả phân tích PCR-RFLP.
Bảng 3.5: Các kiểu gen SNP309T>G của gen MDM2 và nguy cơ mắc ung
thư phổi
Ung thư Nhóm
phổi chứng OR, OR*,
Đa hình thái
(n=220) (n=230) 95%CI 95%CI
n % n %
49, 24
T 217 52,4 1,0
3 1
Alen
50, 21 1,13
G 223 47,6
7 9 (0,87 – 1,47)
TT 60 27, 55 23,9 1,0 1,0
3 0,65
44, 13 0,68
TG 97 57,0 (0,41 –
Kiểu gen 1 1 (0,43 – 1,07)
1,03)
1,31 1,10
28,
GG 63 44 19,1 (0,77 – (0,84 –
6
2,32) 1,44)
TT+T 157 71, 18 80,9 1,0 1,0
Kết hợp gen G 4 6
1,61
lặn 28, 1,7
GG 63 44 19,1 (1,03 –
6 (1,09 – 2,63)
2,51)
15
72,
TT 60 55 23,9 1,0 1,0
7
Kết hợp gen
0,78
trội TG + 27, 17 0,84
160 76,1 (0,51 –
GG 3 5 (0,55 – 1,28)
1,20)
OR* được điều chỉnh theo các biến: tuổi, giới, tình trạng hút thuốc lá theo mô
hình hồi quy logistic đa biến.
Nhận xét: Kiểu gen dị hợp tử SNP 309TG chiếm tỷ lệ cao nhất ở cả nhóm bệnh
và nhóm chứng. Kiểu gen đồng hợp tử SNP 309GG làm tăng nguy cơ mắc ung
thư phổi 1,7 lần theo mô hình gen lặn (OR = 1,7; 95%CI= 1,09 – 2,63). Khi
hiệu chỉnh theo các biến tuổi, giới và tình trạng hút thuốc lá theo mô hình hồi
quy logistic đa biến vẫn cho thấy kiểu gen đồng hợp tử SNP 309GG làm
tăng nguy cơ mắc ung thư phổi 1,61 lần theo mô hình gen lặn (OR = 1,61;
95%CI= 1,03 – 2,51).
3.4 Mối liên quan giữa đa hình kiểu gen TP53 và gen MDM2 với
nguy cơ mắc ung thư phổi
3.4.2. Mối liên quan giữa đa hình gen MDM2 SNP309T>G và nguy cơ mắc
ung thư phổi theo một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng trong ung thư
phổi
3.4.2.1. Mối liên quan giữa đa hình kiểu gen MDM2 SNP309T>G và nguy cơ
mắc ung thư phổi theo giới
Bảng 3.6: Mối liên quan giữa đa hình kiểu gen MDM2 SNP309T>G và
nguy cơ mắc ung thư phổi theo giới
OR GG/TT OR TG/TT OR GG/TG+TT OR TG+GG/TT
Nhóm
(95%CI) (95%CI) (95%CI) (95%CI)
1,31 0,69 1,66 0,87
Nam
(0,71 – 2,43) (0,41 – 1,18) (1,01 - 2,76) (0,526 - 1,43)
1,26 0,67 1,67 0,79
Nữ
(0,43 – 3,67) (0,29 – 1,56) (0,68 – 4,06) (0,35 – 1,77)
Nhận xét: Kiểu gen đồng hợp tử SNP 309GG làm tăng nguy cơ mắc ung thư
phổi ở nam giới 1,66 lần theo mô hình gen lặn ( OR-1,66; 95%CI=1,01-2,76).
3.4.2.2. Mối liên quan giữa đa hình kiểu gen MDM2 SNP309T>G và nguy cơ
mắc ung thư phổi theo mô bệnh học
Bảng 3.7: Mối liên quan giữa đa hình kiểu gen MDM2 SNP309T>G và
nguy cơ mắc ung thư phổi theo mô bệnh học
16
OR GG/TT OR TG/TT OR GG/TG+TT OR TG+GG/TT
Nhóm
(95%CI) (95%CI) (95%CI) (95%CI)
UTBM không 1,37 0,72 1,71 0,88
tế bào nhỏ (0,79 – 2,37) (0,45 – 1,14) (1,09 – 2,68) (0,57 – 1,37)
UTBM tế bào 0,94 0,42 1,59 0,55
nhỏ (0,30 – 2,90) (0,15 – 1,18) (0,59 – 4,28) (0,22 – 1,38)
1,40 0,76 1,69 0,92
UTBM tuyến
(0,79 – 2,50) (0,46 – 1,24) (1,05 – 2,72) (0,58 – 1,47)
2,50 1,47 1,88 1,73
UTBM vảy
(0,44 – 14,29) (2,97 – 7,30) (0,55 – 6,38) (0,37 – 8,04)
Nhận xét: Kiểu gen đồng hợp tử SNP 309GG trong nhóm có hút thuốc lá làm
tăng nguy cơ mắc UTBM không tế bào nhỏ 1,71 lần (OR=1,71; 95% CI= 1,09-
2,68) và UTBM tuyến 1,69 lần (OR=1,69; 95%CI= 1,05-2,72) theo mô hình
gen lặn.
3.4.2.3. Mối liên quan giữa đa hình kiểu gen MDM2 SNP309T>G và nguy cơ
mắc ung thư phổi theo tình trạng hút thuốc lá
Bảng 3.8: Mối liên quan giữa đa hình kiểu gen MDM2 SNP309T>G và
nguy cơ mắc ung thư phổi theo tình trạng hút thuốc lá
OR
OR GG/TT OR TG/TT OR TG+GG/TT
Nhóm GG/TG+TT
(95%CI) (95%CI) (95%CI)
(95%CI)
2,09
1,86 0,85 1,12
Có hút thuốc (1,01 –
(0,74 – 4,68) (0,38 – 1,90) (0,52 – 2,40)
4,31)
0,98 1,38
Không hút 0,58 0,68
(0,50 – (0,78 –
thuốc (0,34 – 1,01) (0,41 – 1,14)
1,90) 2,43)
Hút thuốc 1,86 0,92 1,99 1,18
17
<20 bao-năm (0,70 –
(0,48 – 7,26) (0,28 – 3,04) (0,37 – 3,66)
5,65)
Hút thuốc 2,18
1,87 0,80 1,08
>20 bao-năm (0,80 –
(0,53 – 6,60) (0,27 – 2,39) (0,38 – 3,03)
5,98)
Nhận xét: Kiểu gen đồng hợp tử SNP 309GG trong nhóm có hút thuốc lá làm
tăng nguy cơ mắc ung thư phổi 2,09 lần theo mô hình gen lặn (OR= 2,09;
95%CI= 1,01-4,31).
3.4.3. Nguy cơ mắc ung thư phổi khi kết hợp đa hình gen TP53 SNP R72P
và gen MDM2 SNP309T>G
3.4.3.1.Nguy cơ mắc ung thư phổi khi kết hợp đa hình gen TP53 SNP R72P và
gen MDM2 SNP309T>G với hút thuốc lá
Bảng 3.9: Nguy cơ mắc ung thư phổi khi kết hợp đa hình gen TP53 SNP
R72P và gen MDM2 SNP309T>G với hút thuốc lá
Ung thư phổi Nhóm chứng
Đặc điểm OR
n % n %
Không hút thuốc 126 57,3 162 70,4 1,00
1,78
Hút thuốc 94 42,7 68 29,6
(1,20 - 2,62)
Hút thuốc < 20
43 45,7 33 48,5 1,68 (1,01 – 2,79)
bao.năm
Hút thuốc > 20
51 54,3 35 51,5 1,87 (1,15 – 3,06)
bao.năm
GG gen TP53
SNP R72P và 32 57,1 53 80,3 1,00
không hút thuốc
CC gen TP53
3,06
SNP R72P và hút 24 42,9 13 19,7
(1,37 - 6,84)
thuốc
TT gen MDM2
SNP309T>G và 41 55,4 40 74,1 1,00
không hút thuốc
GG gen MDM2 2,30
SNP309T>G và 33 44,6 14 25,9 (1,07 - 4,93)
hút thuốc
Nhận xét:
- Hút thuốc lá làm tăng nguy cơ mắc ung thư phổi 1,78 lần (OR= 1,78;
95%CI= 1,20-2,62).
18
- Hút thuốc lá >20 bao-năm làm tăng nguy cơ mắc ung thư phổi lên 1,87 lần (
OR=1,87; 95%CI= 1,15-3,06) cao hơn nguy cơ mắc ung thư phổi khi hút
thuốc lá <20 bao-năm (OR=1,68; 95%CI= 1,01 – 2,79).
- Người mang kiểu gen CC gen TP53 SNP R72P có hút thuốc lá nguy cơ
mắc ung thư phổi tăng cao gấp 3,06 lần so với người mang kiểu gen GG và
không hút thuốc lá (OR=3,06; 95%CI= 1,37-6,48).
- Người mang kiểu gen GG gen MDM2 SNP309T>G có hút thuốc lá nguy
cơ mắc ung thư phổi tăng cao gấp 2,3 lần so với người mang kiểu gen TT và
không hút thuốc lá (OR= 1,07-4,93).
Chương 4
BÀN LUẬN
4.1. Đặc điểm chung của nhóm nghiên cứu
Tuổi: BN trẻ nhất là 33 tuổi và lớn tuổi nhất là 86 tuổi, tuổi
trung bình là 59,89 ± 9,432 tuổi. Độ tuổi thường gặp nhất là 50-70 tuổi
(72,7%), phần lớn các BN có độ tuổi từ 45 trở lên (93,6%) và BN ung
thư phổi trẻ tuổi (dưới 40 tuổi) chỉ ghi nhận 5 trường hợp (2,7%). Kết
quả này cũng phù hợp với ghi nhận của một số nghiên cứu trong nước
và quốc tế. Ngô Quý Châu và cộng sự năm 2012 khi nghiên cứu về ung
thư phổi tại Trung tâm Hô hấp bệnh viện Bạch mai cũng công bố tuổi
trung bình mắc ung thư phổi trong nhóm nghiên cứu là 58,9 ± 8,6. Yang
P. và CS (2005) ghi nhận, tuổi trung bình của nhóm nghiên cứu là 65,4
± 11,0 tuổi.
Giới: Kết quả nghiên cứu của chúng tôi đã góp phần khẳng định
lại sự phổ biến của ung thư phổi ở nam giới hơn so với nữ giới với tỷ lệ
nam/nữ là 2,86/1. Theo Ngô Quý Châu và CS. nghiên cứu năm 2012 tại
Trung tâm Hô hấp Bệnh viện Bạch Mai, bệnh nhân nam giới chiếm
73,3%, tỷ lệ nam/nữ là 2,75/1.
Hút thuốc lá: Nghiên cứu về ung thư phổi, hầu hết các nghiên
cứu đều đề cập đến yếu tố hút thuốc lá, tuy nhiên đây lại là một yếu tố
khó lượng giá và tách rời khỏi những ảnh hưởng của môi trường.
Nghiên cứu của chúng tôi ghi nhận 94/220 (42,7%) trường hợp có hút
thuốc và không có bệnh nhân nữ có hút thuốc lá. Phân tích tỷ lệ hút
thuốc lá ở cả 2 nhóm bệnh nhân ung thư phổi và nhóm chứng, kết quả
nghiên cứu của của chúng tôi đã khẳng định lại một lần nữa hút thuốc lá
làm tăng nguy cơ ung thư phổi gấp 1,78 lần so với không hút thuốc.
Không những vậy, mức độ nguy cơ còn tăng theo số bao – năm. Với
những người hút < 20 bao-năm, nguy cơ mắc ung thư phổi tăng 1,68 lần