Đánh giá hiệu quả điều trị tki ở bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ giai đoạn tiến xa có đột biến egfr hiếm tại bệnh viện ung bướu tp. hồ chí minh

  • 99 trang
  • file .pdf
.
BỘ GIÁO DỤC ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ
ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
LÊ TRUNG
ĐÁNH GIÁ HIỆU QUẢ ĐIỀU TRỊ TKI
Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ PHỔI KHÔNG TÊ BÀO NHỎ
GIAI ĐOẠN TIẾN XA CÓ ĐỘT BIẾN EGFR HIẾM
TẠI BỆNH VIỆN UNG BƯỚU TP. HỒ CHÍ MINH
CHUYÊN NGÀNH: UNG THƯ
MÃ SỐ: CK 62.72.23.01
LUẬN VĂN CHUYÊN KHOA CẤP II
NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: BSCKII. HỒ VĂN TRUNG
THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH , NĂM 2021
.
.
i
LỜI CAM ĐOAN
Tôi cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số liệu, kết
quả nêu trong luận văn là trung thực và chưa từng được ai công bố trong bất
kỳ công trình nào khác.
Học viên
Lê Trung
.
.
ii
MỤC LỤC
Trang
Lời cam đoan ................................................................................................ i
Thuật ngữ Anh – Việt .................................................................................. v
Danh mục các chữ viết tắt .......................................................................... vii
Danh mục các bảng .................................................................................... ix
Danh mục các hình ảnh và sơ đồ ............................................................... xi
MỞ ĐẦU ..................................................................................................... 1
Chương 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1 Thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì (EGFR) .................................... 4
1.1.1 Định nghĩa EGFR và đột biến gen EGFR ............................... 4
1.1.2 Các phương pháp xét nghiệm tìm đột biến gen EGFR ............ 6
1.1.3 Phân loại đột biến gen EGFR .................................................. 8
1.2 Các loại đột biến gen EGFR hiếm .............................................. 13
1.2.1 Đột biến hiếm tại exon 18 ...................................................... 13
1.2.2 Đột biến hiếm tại exon 19 ...................................................... 13
1.2.3 Đột biến hiếm tại exon 20 ...................................................... 14
1.2.4 Đột biến hiếm tại exon 21 ...................................................... 16
1.3 Tỉ lệ đột biến gen EGFR hiếm .................................................... 17
1.3.1 Tỉ lệ đột biến gen EGFR trên thế giới ................................... 17
1.3.2 Tỉ lệ đột biến gen EGFR hiếm trên thế giới .......................... 17
1.3.3 Tỉ lệ đột biến gen EGFR hiếm ở Việt nam ............................ 22
1.4 Các loại EGFR TKI ...................................................................... 23
1.4.1 EGFR TKI thế hệ thứ nhất ..................................................... 23
1.4.2 EGFR TKI thế hệ thứ hai ....................................................... 25
1.4.3 EGFR TKI thế hệ thứ ba ........................................................ 26
1.4.4 Điều trị với EGFR TKI .......................................................... 27
.
.
iii
1.5 Hiệu quả điều trị TKI ở bệnh nhân có đột biến gen EGFR hiếm . 28
1.4.1 Nghiên cứu Lux-lung 2, 3 và 6 .............................................. 28
1.4.2 Các nghiên cứu lâm sàng khác .............................................. 30
Chương 2: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1 Thiết kế nghiên cứu .................................................................... 32
2.2 Dân số nghiên cứu ....................................................................... 32
2.3 Thời gian nghiên cứu .................................................................. 32
2.4 Cỡ mẫu ........................................................................................ 32
2.5 Kỹ thuật chọn mẫu ...................................................................... 32
2.6 Tiêu chí chọn mẫu ....................................................................... 32
2.7 Qui trình theo dõi và đánh giá kết quả ......................................... 33
2.7.1 Các biến số .............................................................................. 34
2.7.2 Phương pháp đánh giá đáp ứng .............................................. 35
2.8 Thu thập dữ liệu ........................................................................... 36
2.9 Phương pháp xử lý số liệu .......................................................... 36
2.10 Vấn đề y đức ............................................................................. 36
Chương 3: KẾT QUẢ
3.1 Xác định tỉ lệ đột biến EGFR hiếm ............................................. 39
3.1.1 Tỉ lệ đột biến EGFR hiếm chung ........................................... 39
3.1.2 Tỉ lệ đột biến EGFR hiếm theo từng loại đột biến ................ 39
3.2 Đáp ứng điều trị TKI ở bệnh nhân đột biến EGFR hiếm ........... 41
3.2.1 Lựa chọn điều trị .................................................................... 41
3.2.2 Đáp ứng với điều trị TKIs ....................................................... 45
3.4 Xác định thời gian thất bại điều trị ............................................. 49
Chương 4: BÀN LUẬN
4.1 Xác định tỉ lệ đột biến EGFR hiếm ............................................. 51
4.1.1 Tỉ lệ đột biến gen EGFR ........................................................ 51
4.1.2 Tỉ lệ đột biến gen EGFR hiếm ............................................... 53
4.1.3 Tỉ lệ đột biến gen EGFR hiếm theo từng loại đột biến ......... 55
4.1.4 Tỉ lệ đột biến EGFR kép, phức hợp ....................................... 56
.
.
iv
4.2 Đáp ứng điều trị ở bệnh nhân đột biến gen EGFR hiếm ............ 58
4.2.1 Lựa chọn điều trị .................................................................... 58
4.2.2 Lựa chọn điều trị cho đột biến EGFR hiếm kháng TKI ........ 60
4.2.3 Lựa chọn điều trị với EGFR TKI ........................................... 63
4.2.4 Đáp ứng với điều trị TKI ....................................................... 64
4.3 Xác định thời gian thất bại điều trị (TTF) ................................... 66
4.3.1 Thời gian thất bại điều trị ...................................................... 66
4.3.2 Thời gian thất bại điều trị từng loại đột biến EGFR hiếm ..... 67
4.4 Bàn luận về phương pháp nghiên cứu ........................................ 69
4.4.1 Ưu điểm ................................................................................. 69
4.4.2 Giới hạn của nghiên cứu ........................................................ 70
KẾT LUẬN ............................................................................................... 72
KIẾN NGHỊ .............................................................................................. 73
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC
.
.
v
DANH MỤC ĐỐI CHIẾU THUẬT NGỮ ANH – VIỆT
American Society of Clinical Hiệp hội Ung thư Lâm sàng Hoa Kỳ
Oncology
Anaplastic Lymphoma Kinase En-zym (men) chuyển hóa trong tế bào
Best Response Đáp ứng điều trị tốt nhất
Carcinoma Ung thư biểu mô
Codon Vị trí acid amin trên RNA (DNA)
Complete Response Đáp ứng hoàn toàn
Computerized Tomography Chụp cắt lớp vi tính
Disease Control Rate Tỉ lệ đáp ứng điều trị
De novo Nguyên phát
Deoxyribonucleic Acid Phân tử mang thông tin di truyền
Duration of Response Thời gian đáp ứng của khối u
Epidermal Growth Factor Receptor Thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu mô
European Society for Medical Hiệp hội ung thư Châu Âu
Oncology
Fine Needle Aspiration Sinh thiết với kim nhỏ
Hazard Ratio Tỉ số nguy cơ
Ligan Phối tử
Mutation Đột biến
National Comprehensive Cancer Mạng lưới ung thư quốc gia (Hoa Kỳ)
Network
Next Generation Sequencing Giải trình tự gen thế hệ mới
Odds Ratio Chỉ số nguy cơ
Overall Response Rate Tỉ lệ đáp ứng toàn bộ
.
.
vi
Overall Survival Sống còn toàn bộ
Performance Status Chỉ số hoạt động cơ thể
Progression Disease Bệnh tiến triển
Progression Free Survival Sống còn không bệnh tiến triển
Partial Response Đáp ứng một phần
Ribonucleic Acid Phân tử cơ bản mã hóa, biểu hiện gen
Time to Treament Failure Thời gian điều trị đến khi thất bại
Tumor Mutational Burden Mức độ đột biến khối u
Tyrosine kinase Men (en-zym) chuyển nhóm phosphate
đến một protein trong tế bào
Tyrosine Kinase Inhibitor Ức chế Tyrosin kinase
U.S Food and Drug Asministraction Hiệp hội Dược phẩm và Thực phẩm
Hoa Kỳ
Vascular Endothelial Growth Factor Yếu tố tăng trưởng nội mạch
World Health Organization Tổ chức Y tế Thế giới
.
.
vii
DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT
BN Bệnh nhân
BV Bệnh viện
BVUB Bệnh viện Ung Bướu Tp. HCM
Carcinôm Ung thư tế bào biểu mô
ĐB Đột biến
ĐT Điều trị
DEL19 Đột biến mất đoạn tại exon 19
E709X Đột biến điểm tại vị trí 709 exon 18
G719X Đột biến điểm tại vị trí 719 exon 18
GPB Giải phẫu bệnh
HMMD Hóa mô miễn dịch
KTC Khoảng tin cậy
ID Mã số BN, ký hiệu #số
INS20 Đột biến chèn đoạn tại exon 20
L858R Đột biến điểm tại vị trí 858 exon 21
L861Q Đột biến điểm tại vi trí 861 exon 21
LDXV Lý do xuất viện
NC Nghiên cứu
S768I Đột biến điểm tại vị trí 768 exon 20
SV So sánh với
TB Tế bào
Tp. HCM Thành phố Hồ Chí Minh
UTPKTBN Ung thư phổi không tế bào nhỏ
XN Xét nghiệm
XVTYC Xuất viện theo yêu cầu bệnh nhân/thân nhân
.
.
viii
ALK Anaplastic Lymphoma Kinase
ASCO American Society of Clinical Oncology
BR Best Response
COSMIC The Catalogue of Somatic Mutations in Cancer
CR Complete Response
CT(scan) Computerized Tomography
DNA Deoxyribonucleic Acid
DCR Disease control rate
(m)DoR (Median of) Duration of Response
EGFR Epidermal Growth Factor Receptor
ESMO European Society for Medical Oncology
FDA U.S Food and Drug Asministration
FNA Fine Needle Aspiration
HR Hazard ratio
NGS Next Generation Sequencing
NCCN National Comprehensive Cancer Network
ORR Overall Response Rate
(m)OS (Median of) Overall survival
PCR Real-time Polymerase Chain Reaction
PD Progression Disease
(m)PFS (Median of) Progression free survival
PR Partial Response
PS Performance Status
(m)RNA (Messenger) Ribonucleic Acid
SD Standard Deviation
TKI(s) Tyrosine kinase inhibitor(s)
(m)TTF (Median of) Time to Treament Failure
WHO World Health Organization
.
.
ix
DANH MỤC CÁC BẢNG
Trang
Bảng 1.1 Ưu và nhược điểm của các phương pháp xét nghiệm đột biến gen 7
Bảng 1.2 Tỉ lệ đột biến EGFR hiếm .............................................................. 18
Bảng 1.3 Tỉ lệ các loại đột biến EGFR hiếm ................................................ 19
Bảng 1.4 Tỉ lệ đột biến EGFR hiếm, kép, phức hợp tại BV Ấn Độ ............. 21
Bảng 1.5 Các thế hệ EGFR TKIs .................................................................. 23
Bảng 1.6 Kết quả điều trị với Afatinib ở nhóm bệnh nhân EGFR hiếm ..... 29
Bảng 3.1 Kết quả xét nghiệm tìm đột biến gen EGFR lần thứ 1 .................. 39
Bảng 3.2 Danh sách bệnh nhân có đột biến T7909M de novo ..................... 41
Bảng 3.3 Số bệnh nhân có đột biến INS20 đơn và kép ................................ 41
Bảng 3.4 Tỉ lệ đột biến EGFR hiếm phân loại theo đáp ứng với TKI .......... 41
Bảng 3.5 Điều trị bước 1 ở nhóm đột biến EGFR hiếm ............................... 42
Bảng 3.6 Lựa chọn điều trị theo đột biến hiếm kháng TKI ........................... 42
Bảng 3.7 Liệt kê các BN có ĐB hiếm kháng TKI vẫn điều trị TKIs............. 43
Bảng 3.8 Quá trình điều trị TKIs ở BN có ĐB EGFR hiếm ......................... 44
Bảng 3.9 Tỉ lệ đáp ứng điều trị TKI ở BN có ĐB EGFR hiếm ..................... 45
Bảng 3.10 Tỉ lệ đáp ứng và kiểm soát bệnh theo từng nhóm ĐB hiếm ........ 45
Bảng 3.11 Liệt kệ kết quả điều trị TKI ở bệnh nhân có ĐB EGFR hiếm ..... 46
Bảng 3.12 So sánh mTTF bước 1 phân loại theo phương pháp điều trị ........ 49
Bảng 3.13 So sánh hiệu quả điều trị các loại TKIs ........................................ 49
Bảng 3.14 Thời gian mTTF của TKIs theo nhóm ĐB hiếm .......................... 50
Bảng 4.1 Tỉ lệ đột biến gen EGFR trong nghiên cứu Poineer ....................... 51
Bảng 4.2 Tỉ lệ đột biến gen EGFR trong một số nghiên cứu UTPKTBN ..... 52
.
.
x
Bảng 4.3 Tỉ lệ đột biến gen EGFR trong các nghiên cứu tại Việt Nam ........ 53
Bảng 4.4 So sánh tỉ lệ đột biến gen EGFR hiếm với các nghiên cứu khác ... 53
Bảng 4.5 Tỉ lệ đột biến gen EGFR hiếm tại Việt Nam .................................. 54
Bảng 4.6 Tỉ lệ các loại đột biến EGFR hiếm ở các nghiên cứu .................... 55
Bảng 4.7 Tỉ lệ đột biến nguyên phát T790M đơn hoặc kết hợp .................... 57
Bảng 4.8 Tỉ lệ ĐB INS20 đơn hoặc kết hợp .................................................. 58
Bảng 4.9 Lựa chọn điều trị ở BN có ĐB EGFR hiếm ................................... 59
Bảng 4.10 Lựa chọn điều trị ở bệnh nhân có ĐB EGFR hiếm kháng TKI .... 61
Bảng 4.11 Tỉ lệ loại TKI điều trị ở bệnh nhân có ĐB EGFR hiếm ............... 63
Bảng 4.12 Tỉ lệ ORR và DCR ở BN ĐB EGFR hiếm khi điều trị TKI......... 64
Bảng 4.13 Tỉ lệ ORR khi điều trị TKI theo nhóm ĐB EGFR hiếm .............. 65
Bảng 4.14 Thời gian mPFS điều trị TKI ở BN ĐB EGFR hiếm ở các NC ... 66
Bảng 4.15 So sánh mPFS các loại ĐB EGFR hiếm điều trị TKIs bước 1 ..... 68
.
.
xi
DANH MỤC CÁC HÌNH ẢNH VÀ SƠ ĐỒ
Trang
Hình 1.1 Cấu trúc gen EGFR với các vị trí đột biến phổ biến và hiếm ........... 4
Hình 1.2 EGFR thuộc gia đình họ HER .......................................................... 5
Hình 1.3 Liệu pháp nhắm trúng đích trong UTPKTBN ................................ 6
Hình 1.4 Tỷ lệ các đột biến gen EGFR ........................................................... 9
Hình 1.5 Tỷ lệ phân bố gen EGFR nhạy và kháng TKI ................................ 11
Hình 1.6 Tần suất các đột biến gen chèn đoạn trên exon 20 ....................... 15
Hình 1.7 Cấu trúc các EGFR TKI thế hệ 1, 2 và 3 ....................................... 23
Hình 1.8 Kết quả PFS của đột biến UTPKTBN có đột biến hiếm ............... 30
Hình 3.1 Tỉ lệ phân bố các loại ĐB EGFR hiếm lần XN đầu tiên .............. 40
Hình 3.2 Tỉ lệ sử dụng các TKIs cho BN có ĐB EGFR hiếm .................... 43
Hình 3.3 Biểu đồ kết quả điều trị TKI ở BN có ĐB EGFR hiếm ............... 48
DANH MỤC CÁC SƠ ĐỒ
Trang
Sơ đồ 2.1 Qui trình theo dõi bệnh nhân và đánh giá kết quả điều trị ........... 33
Sơ đồ 3.1 Sơ đồ kết quả chọn mẫu nghiên cứu ............................................. 38
.
.
1
MỞ ĐẦU
Ung thư phổi là loại ung thư có tần suất mắc bệnh và tử suất hàng đầu
trên thế giới. Theo ghi nhận ung thư của WHO năm 2018, ung thư phổi có
xuất độ 25,5/100.000, tử suất là 18,6/100.000, đứng thứ 3 sau ung thư vú và
tiền liệt tuyến [48].
Ở Việt Nam, năm 2018 số ca mắc mới ung thư phổi là 23.667 (14,4%)
đứng thứ hai sau ung thư gan [48]. Theo số liệu ghi nhận ung thư quần thể tại
Tp. HCM năm 2013, ung thư phổi đứng hàng đầu ở nam giới với xuất độ
chuẩn tuổi 24,2/100.000 và đứng hạng thứ tư ở nữ sau ung thư vú, cổ tử cung
và đại trực tràng với xuất độ chuẩn tuổi 8,5/100.000 [2], [5].
Ung thư phổi được chia làm hai nhóm chính: khoảng 80% ung thư phổi
không tế bào nhỏ (UTPKTBN) và 20% ung thư phổi tế bào nhỏ. Trong nhóm
UTPKTBN, hơn 70% các trường hợp UTPKTBN được chẩn đoán ở giai đoạn
tiến xa hay di căn [2], [5], [7].
Trong 15 năm qua với những tiến bộ về giải phẫu bệnh, sinh học phân
tử… phát hiện ra các đích nhắm phân tử EGFR, ALK, ROS1…. ở các bệnh
nhân UTPKTBN. Các thuốc TKI của các đích nhắm phân tử trên đã xác lập
được vai trò trong điều trị UTPKTBN giai đoạn tiến xa [8], [17].
Đột biến mất đoạn exon 19 (DEL19) và đột biến điểm ở exon 21
(L858R) của gen EGFR được gọi là các đột biến “cổ điển” (classical
mutation), còn gọi là đột biến phổ biến, chiếm 85% tổng số các đột biến
EGFR, thường gặp ở phụ nữ châu Á mắc bệnh UTPKTBN có loại mô học là
carcinôm tuyến và không hút thuốc lá. Các đột biến hiếm chiếm từ 5 – 20%
thường gặp ở exon 18 (E709X, G719X), exon 20 (T790M, S768I) và exon 21
(L861Q) [9]. Các nghiên cứu cho thấy điều trị với thuốc nhắm trúng đích
EGFR TKI cho bệnh nhân UTPKTBN có đột biến EGFR làm tăng tỷ lệ đáp
ứng hơn 70% và cải thiện thời gian sống còn không bệnh tiến triển lên 9-13
.
.
2
tháng. Tuy nhiên, các nghiên cứu này thực hiện chủ yếu ở nhóm bệnh nhân có
các đột biến phổ biến, còn các bệnh nhân có đột biến gen EGFR hiếm không
phải là đối tượng chính được khảo sát [40].
Một số nghiên cứu cho thấy bệnh nhân có đột biến gen EGFR hiếm có tỉ
lệ đáp ứng điều trị với TKI và thời gian sống còn kém hơn nhóm đột biến gen
EGFR phổ biến. Đến nay, chưa có bất kỳ nghiên cứu tiến cứu nào được thiết
kế để đánh giá hiệu quả điều trị cho nhóm bệnh nhân có đột biến gen EGFR
hiếm, vì vậy phương pháp điều trị chuẩn cũng như hiệu quả sử dụng EGFR
TKI trên nhóm bệnh nhân có đột biến gen EGFR hiếm, đột biến kép, đột biến
phức hợp vẫn chưa rõ [21].
Bệnh viện Ung bướu TP. Hồ Chí Minh đã bắt đầu triển khai xét nghiệm
sinh học phân tử tìm đột biến EGFR từ năm 2013 và đã sử dụng các thuốc ức
chế tyrosine kinase (TKIs) trong điều trị UTPKTBN giai đoạn tiến xa, di căn.
Kết quả điều trị với các TKI như Gefitinib, Erlotinib đã cải thiện về PFS cho
bệnh nhân [4].
Hiện nay, đã có một số nghiên cứu tổng hợp trên thế giới về hiệu quả
điều trị TKI ở nhóm bệnh nhân có đột biến EGFR hiếm [7], [45], [49], [50]
tuy nhiên hiệu quả điều trị với TKI ở nhóm bệnh nhân này tại Việt Nam cũng
như tại BVUB như thế nào vẫn chưa được tìm hiểu rõ ràng.
Chúng tôi thực hiện đề tài này nhằm đánh giá hiệu quả sử dụng TKI ở
nhóm bệnh nhân có đột biến EGFR hiếm tại BVUB, với mục đích giúp cho
các bác sĩ lâm sàng đưa ra các quyết định điều trị phù hợp.
.
.
3
Câu hỏi nghiên cứu:
Hiệu quả điều trị EGFR TKI ở bệnh nhân UTPKTBN giai đoạn tiến xa
có đột biến gen EGFR hiếm tại BVUB như thế nào?
Mục tiêu nghiên cứu:
1. Xác định tỉ lệ đột biến gen EGFR hiếm
2. Xác định tỉ lệ đáp ứng điều trị của TKI bước một ở bệnh nhân
UTPKTBN giai đoạn tiến xa có đột biến gen EGFR hiếm
.
.
4
CHƯƠNG 1
TỔNG QUAN TÀI LIỆU
Ung thư phổi nguyên phát là loại bệnh ác tính mà kết quả điều trị bệnh
hiện còn thấp. Ung thư phổi nguyên phát được phân thành hai nhóm chính là
UTPKTBN và ung thư phổi tế bào nhỏ. Các UTPKTBN chiếm hơn 80%,
trong đó hơn hai phần ba khi phát hiện đã ở giai đoạn tiến xa. Mục đích điều
trị UTPKTBN giai đoạn tiến xa là xoa dịu triệu chứng, trì hoãn thời gian tiến
triển bệnh, kéo dài thời gian sống còn, cải thiện chất lượng sống [17]. Các
phương pháp điều trị chính hiện nay là hóa trị, liệu pháp miễn dịch và nhắm
trúng đích với TKI được sử dụng cho các bệnh nhân có đột biến gen EGFR.
1.1 Thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu mô
1.1.1. Định nghĩa EGFR và đột biến gen EGFR
Gen EGFR nằm trên nhánh ngắn NST số 7, chứa 28 exon, gen này mã
hóa một protein gồm 464 acid amin.
Hình 1.1: Cấu trúc gen EGFR với vị trí các đột biến phổ biến và hiếm [26]
.
.
5
Hình 1.2: EGFR thuộc gia đình họ HER
Thụ thể EGFR là một glycoprotein xuyên màng tế bào có miền ngoại bào
có thể gắn yếu tố tăng trưởng biểu bì và miền tyrosine kinase nội bào làm
đường truyền tín hiệu điều hòa quá trình tăng sinh tế bào (Hình 1.1, 1.2).
EGFR tồn tại như một đơn nguyên trên bề mặt tế bào, và nó phải được cặp
đôi hóa để kích hoạt tyrosine kinase. Mặc dù hoạt động tyrosine kinase của
EGFR được kiểm soát chặt chẽ trong các tế bào bình thường, nhưng trong tế
bào ác tính các gen mã hóa thụ thể EGFR này bị đột biến có thể kích hoạt các
đường dẫn truyền tín hiệu nội bào gây tăng sinh tế bào ác tính, giúp tế bào
trốn thoát cơ chế gây chết theo lập trình … (Hình 1.2). Một số ligan có liên
quan đến kích hoạt các thụ thể ErbB và có thể thúc đẩy thụ thể hình thành cặp
đôi. Dưới những điều kiện nhất định, chẳng hạn như trong các tế bào biến đổi
ác tính, phức cặp đôi cũng có thể tự hình thành không phân biệt các phối tử.
EGFR được kích hoạt bởi EGF, TGF-α, và một số các ligand khác [15], [53].
Đột biến gen EGFR là một yếu tố dự báo đáp ứng điều trị với EGFR
TKI. Phân tích về sự có mặt hay vắng mặt của đột biến trong gen EGFR là
.
.
6
phương pháp tiêu chuẩn để quyết định có hay không sử dụng các EGFR TKI
để điều trị bước đầu cho bệnh nhân UTPKTBN giai đoạn tiến xa [6].
Hình 1.3: Liệu pháp nhắm trúng đích trong UTPKTBN [53]
1.1.2 Các phương pháp xét nghiệm tìm đột biến gen EGFR
Có nhiều kỹ thuật phân tích, tìm đột biến gen EGFR được phát triển từ
hàng chục năm qua từ Sanger DNA sequencing, Pyrosequencing, PCR-based
SnapShot Multiplex Kit, Mass ARRAY ... đến giải trình tự gen thế hệ mới.
Hiện nay, có 2 phương pháp xét nghiệm chính là:
- Tầm soát phát hiện đột biến gen EGFR (Nontargeted Assays)
- Tìm những đột biến EGFR đã biết (Targeted EGFR Assays)
Mỗi phương pháp có những lợi ích và hạn chế nhất định (Bảng 1.1). Sự
lựa chọn phương pháp xét nghiệm phụ thuộc vào nguồn mẫu xét nghiệm (mô
vùi nến, tế bào học, mô cắt lạnh…); kinh nghiệm và trang thiết bị của phòng
xét nghiệm; nhu cầu chỉ tìm những đột biến đã biết hay tất cả các đột biến [6].
.
.
7
Bảng 1.1: Ưu điểm và nhược điểm các phương pháp xét nghiệm đột biến gen
Kỹ thuật Ưu điểm Nhược điểm
Tầm soát đột biến Khảo sát được bất kỳ Độ nhạy thấp
đột biến nào, đã biết Nhiều bước xử lý, phức tạp
hoặc chưa biết
Xét nghiệm tìm đột Độ nhạy cao Không tìm những đột biến
biến đã biết Ít bước xử lý, nhanh hiếm, đột biến mới
Kit thương mại thường đắt
tiền
1.1.2.1 Xét nghiệm tầm soát phát hiện đột biến gen EGFR
Giải trình gen Sanger phát hiện các đột biến ở exon 18-21 có độ nhạy
tương đối thấp (yêu cầu khoảng 10 - 25% tế bào bướu có gen đột biến trong
mẫu thử), chủ yếu sử dụng trong các nghiên cứu, khó áp dụng trên lâm sàng
[11], [26].
Pyrosequencing là phương pháp nhanh với độ nhạy cao hơn giải trình
gen Sanger nên chỉ cần khoảng 5% tế bào bướu. Nhưng phương pháp này bị
giới hạn độ dài DNA khảo sát ngắn hơn phương pháp Sanger [11].
1.1.2.2 Xét nghiệm tìm các đột biến gen EGFR đã biết
Các xét nghiệm này có độ nhạy cao hơn các xét nghiệm giải trình tự gen
trực tiếp, chỉ yêu cầu khoảng 5-10% DNA (tế bào) bướu. Các xét nghiệm này
sử dụng phương pháp real-time PCR với các bộ gen chuyên biệt đã được xác
định trước, tuy nhiên, không thể định danh được các gen đột biến mới, ngoài
các gen đột biến đã biết. Gồm các bộ xét nghiệm thương mại sau [11]:
- Cobas EGFR Mutation Test (Roche Molecular System, Inc.)
- Therascreen EGFR RCQ PCR Kit (Qiagen N. V)
- The Mass ARRAY system (Agena Bioscience)
- The SnaPshot Multiplex Kit (Applied Biosystem)
.
.
8
Các bộ xét nghiệm như Therascreen (Qiagen, Anh Quốc) và Cobas
(Roche, Thụy Sỹ), có thể phát hiện các đột biến chuyên biệt với độ nhạy cao
(chỉ cần 1% gen đột biến) như: G719A/S/C, Del19, S768I, INS20
(V769_D770insASV, D770_N771insG/SVD và H773_V774insH), T790M,
L858R và L861Q. Như vậy, nếu sử dụng các bộ xét nghiệm này không thể
phát hiện các đột biến khác (như là đột biến hiếm), mặc dù đây là các xét
nghiệm chuẩn để tìm đột biến EGFR trong các nghiên cứu lâm sàng [26].
1.1.2.3 Giải trình tự gen thế hệ mới [11], [26]
Phương pháp giải trình tự gen thế hệ mới NGS hay còn gọi là kỹ thuật
giải trình gen song song đồng loạt, có khả năng phát hiện nhiều kiểu đột biến
trên bộ gen của cơ thể và tế bào ung thư. Kỹ thuật này ưu việt hơn hẳn giải
trình tự gen truyền thống, như Sanger sequencing, cho phép giải trình tự một
khu vực rộng của bộ gen với độ nhạy cao hơn. NGS được chấp thuận trên
mẫu mô vùi nến, mẫu mô tươi, mẫu tế bào học (FNA) và mẫu máu.
Sinh thiết lỏng là xét nghiệm trên mẫu huyết tương của BN hiện nay
được xem như cơ chế phát hiện đột biến EGFR ở các DNA của tế bào bướu
lưu hành trong máu và có tiềm năng thay thế việc sinh thiết lại mô bướu [24].
NGS có thể sử dụng để giải trình tự toàn bộ bộ gen, mRNA và một phần
bộ đa gen đích liên quan đến bệnh lý cụ thể. Triển khai xét nghiệm NGS trên
lâm sàng rất đắt tiền, nhưng hiệu quả đem lại cao, NGS rất nhạy phát hiện các
đột biến gen mới chưa được hiểu rõ ý nghĩa trên lâm sàng, đặc biệt các đột
biến hiếm và đột biến kết hợp.
1.1.3 Phân loại đột biến gen EGFR
Theo danh mục COSMIC, liệt kê các đột biến gen ung thư ở người, tính
đến tháng 5/2016, có khoảng 16,000 đột biến gen EGFR được tìm thấy, trong
đó có 594 loại đột biến EGFR khác nhau, 93% trong số đó nằm ở 4 exon 18-
.